所以引物的选取也要非常的保守,最好不要有不同的碱基,若不得不有时,也必须保证引物的3’端至少有4个碱基是完全保守才可。 在设计保守引物时,要在发表序列上分别找保守一致的区域,即在发表序列的5’端引物位置找的是3’端至少有5个bp保守,在即在发表序列的3’端引物位置找的是5’端至少有5个bp保守。 5’...
RT-PCR引物设计原则端不要出现2个或更多碱基的互补扩增产物大小 RT-PCR引物设计原则 RT-PCR引物设计原则 引物长度: 17-25bp GC含量:45-55% Tm:上下游引物Tm值相差不能太大 Oligo:63-68℃Primer3:60-65℃ 序列:碱基要随机分布,尽量均匀 避免出现GC或AT富含区(尤其3' 端) 避免出现多聚嘧啶、多聚嘌呤 3'...
Analyze中第二项为Duplex Formation,即二聚体形成分析,可以选择上游引物或下游引物,分析上游引物间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情况,还可以选择Upper/Lower,即上下游引物之间的二聚体形成情况。引物二聚体是影响PCR反应异常的重要因素,因此应该避免设计的引物存在二聚...
二:TAIL-PCR(交错式热不对称PCR):利用目标序列旁的已知序列设计3个嵌套的特异性引物,用它们分别和1个具有低TM值的短的随机简并引物相组合,以基因组DNA为范本.根据引物的长短和特异性的差异设计不对称的温度循环,通过分级反应来扩增特异引物。 TAIL-PCR共分3次反应: 第一次反应包括5次高特异性、1次低特异、10...
那设计引物有啥原则呢?首先,特异性得强啊!咱可不能让它乱开别的门,不然得出的结果不就乱套啦!就好比你要去开自己家的门,总不能拿着钥匙去开别人家的吧! 长度也得合适呀,太短了不稳定,太长了又不好使。这就跟挑扁担似的,太长太短都挑不好东西。还有呀,碱基组成也得讲究,不能全是一种碱基,那可不行。
内容提示: RT-PCR 引物设计原则和方法 在 NCBI 上搜索到该基因 找到该基因的 mRNA 在 CDS 选项中 找到编码区所在位置 在下面的 origin 中 Copy 该编码序列作为软件查询序列的候选对象。 打开 Primer Premier5 点击 File-New-DNA sequence, 出现输入序列窗口 Copy 目的序列在输入框内 选择 As 此窗口内 序列也...
rt-pcr引物设计原则和方法(RT-PCRprimerdesignprinciplesandmethods)RT-PCRprimerdesignprinciplesandmethodsSearchtheNCBIforthegene,findthemRNAofthegene,locatethecodingregionintheCDSoption,andintheoriginbelow,theCopyencodesthesequenceasacandidateforthesoftwarequerysequence.OpenPrimerPremier5,clickFile-New-DNAsequence,...
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荧光定量PCR引物设计原则2011-04-220:21引物的具体设计要求:1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。最好位于编码区5’端的300-400bp区域内,可以用DNAman,Alignment软件看看结果。2.产物不能形成二级结构(自由能小于58.61KJ/mol)。3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。4.G+C含量在40...