再次运行Rstudio-server,搞定! 9. 其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1,它会在conda环境中有一个library,普通用户没有写入的权限,安装R包时会在自己的路径下自动新建一个library。如果安装包出错,就进入conda的环境,安装即可,绝对可以成功。 特别好使! 10. 总结 1,cond...
重新启动 RStudio Server 后,登录到 RStudio Server 界面,并在控制台中运行: sessionInfo() 这应该显示你的 R 版本为 4.1.3,表明你现在正在使用monocle3环境中的 R。 如果你按照你上步骤成功的在rstudio-server里面切换了,不同conda虚拟环境中的R。 那么恭喜你! 但是!,如果你已经做完了以上的所有操作,但是依...
「重启Rstudio-server」 sudo rstudio-server status #查看RStudio-server sudo rstudio-server stop #关闭RStudio-server sudo rstudio-server restart #重启RStudio-server 重启之后,打开Rstudio-server,发现R版本已经变为R4.1.0了,搞定! 7. 在conda环境中安装R包 「R4.1.0」 if (!requireNamespace("BiocMan...
结合rstudio-server 查看 R 包的版本。在这个步骤我先 "Start New Session" 将原先配置的 libpath 取消掉(后面会说明原因)。 .libPaths(c("/home/txb/rpackage",.libPaths()))library("uwot")packageVersion("uwot").libPaths(c("/home/txb/miniconda3/envs/r-reticulate/lib/R/library",.libPaths()))l...
后续R包的安装可以在RStudio Server的这个界面进行,也可以在shell终端敲“R”进入R界面进行,安装的位置可能有所不同,但设置好了都是可以调用的。 有些R包的依赖比较纠结,各种解决方案都未果的话可以尝试conda安装,详见R4.0中R包的安装。 查看RStudio Server的一些常用命令 ...
需要添加的R路径变量有两个,建议用conda安装的R,我用R安不上Seurat,换成用conda安就成功了 vi /etc/rstudio/rserver.conf # Server Configuration File rsession-ld-library-path=/path/to/anaconda3/envs/${R_VERSION}/lib/ rsession-which-r=/path/to/anaconda3/envs/${R_VERSION}/bin/R ...
我已经在 Linux 上安装了 R 3.4.1 ,是使用 conda 安装的,而且已经添加到了 $PATH。 Linux 上安装了 Rstudio server,从网页访问的时候,调用的却还是旧版本的 R。为什么? 回复: 简单说,这是因为 Rstudio 默认使用的是系统环境变量PATH里的R,而 Rstudio 通常是以管理员权限安装的。管理员PATH里的 R 和普通...
以下是使用 Conda 安装 RStudio Server 的步骤,我们用一个表格来展示这些步骤: 每一步详细操作 1. 创建 Conda 环境 首先,我们需要创建一个新的 Conda 环境以保持依赖关系的干净与独立。 conda create-nr_env r-essentials 1. conda create是 Conda 生成新环境的命令。
R4.0的安装借助于conda,并创建R4的环境安装4.0的R包,参考《遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办?》—— 豆豆花花 生信星球 https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/243/ 1. 服务器的申请与配置 添加新的用户名并赋予sudo权限:
确保安装了R，如使用conda安装，则需配置路径。访问Rstudio或posit下载页面获取Rstudio Server。选择合适的服务版本，如果没有适合的，可考虑源代码构建，但过程复杂，通常建议使用现成版本。执行所有操作时建议使用root用户以避免权限问题。调整配置文件以管理Rstudio服务，如database.conf、rserver.conf和r...