biocLite('Rsamtools') 安装Rsamtools时会有很多依赖包会被安装,虽然这个过程是自动完成的,但是由于依赖包过多,有时候还是容易有一些问题(其他包同样道理),所以在安装后导入Rsamtools时,一定要看一遍警告和错误信息,如果有错误信息,要逐一排查。我当时安装完Rsamtools后,导入它并没有工作,看提示是需要需要RCurl,安装...
ref:参考基因组序列的位置 dir_samtools:samtools软件的安装位置 file_name <- "xx.vcf" out_name <- "xx_marker.csv" ref <- "ref.fa" dir_samtools <- "/miniconda3/envs/work/bin/samtools" 3. 读取并合并数据 使用read.vcfR函数读取VCF文件,并将其转换为数据框。然后,使用cbind函数将固定信息和基...
要安装这个软件包,请从R开始,然后输入: 文档 要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入: browseVignettes(“Rsamtools”) PDFR脚本Rsamtools简介 PDFR脚本使用samtools C库 PDF参考手册 文本新闻 文本许可证 视频堆积在Rsamtools 细节 biocViews对齐,报道,DataImport,质量控制,测序,软件 ...
dir_samtools:samtools软件的安装位置 file_name <- "xx.vcf"out_name <- "xx_marker.csv"ref <- "ref.fa"dir_samtools <- "/miniconda3/envs/work/bin/samtools" 3. 读取并合并数据 使用read.vcfR函数读取VCF文件,并将其转换为数据框。然后,使用cbind函数将固定信息和基因型信息合并到一个数据框中。
安装要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("Rsamtools")对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.文档要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:...
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rsamtools”)对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。文档要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:...
biocLite('Rsamtools') 安装Rsamtools时会有很多依赖包会被安装,虽然这个过程是自动完成的,但是由于依赖包过多,有时候还是容易有一些问题(其他包同样道理),所以在安装后导入Rsamtools时,一定要看一遍警告和错误信息,如果有错误信息,要逐一排查。我当时安装完Rsamtools后,导入它并没有工作,看提示是需要需要RCurl,安装...