RPPA技术在定量能力、重复性、大样本分析比对能力上的优势，是其它蛋白组学技术手段所不具备的。非因生物的RPPA蛋白组学技术可针对少量的外泌体样本进行大规模蛋白组学分析，尤其是对外泌体内富集的信号通路蛋白、磷酸化蛋白的定量分析有着独特的优势，为外泌体蛋白组研究开辟新的途径。本次介绍的两篇文章就是充分发挥...
并与Gordon Mills 教授的RPPA技术团队进行合作,对富集的sEVs进行蛋白质组学分析比对,发现了一些可用于区分乳腺癌患者和健康人的特定蛋白标志物,其中FAK和纤连蛋白表现出较高的诊断准确性,并在Science Advances上发表“Proteomic analysis of circulating extracellular vesicles identifies potential markers of breast...
Keywords:cancer;RPPAdata;heatmap;principalcomponentanalysis;discriminantmodel 癌症基因图谱计划(TheCancerGenomeAtlas, TCGA)是一项从2005年开始的项目,使用基因组 测序技术和生物信息学的方法来研究与癌症有关的 基因突变,将他们辨析、标识以及归类。在人类与 ...
To ease the performance analysis for remote programs, this paper presents a remote parallel program performance analysis tool, RPPA (Remote Parallel Performance Analyzer), which is based on dynamic code instrumentation. A hierarchical structure is adopted by RPPA which consists of 3 parts: client, ...
Differential Analysis表示差异分析,结果示意如下 Survival Analysis表示生存分析,结果示意如下 4. Visualization 包含了以下两种可视化方式 Network Visualization Heatmap Visualization 该网站的数据是可以免费下载的 勾选自己需要下载的数据集即可。通过该网站,可以方便地对TCGA的蛋白质芯片数据进行挖掘。
3.Proteomic analysis of circulating extracellular vesiclesidentifies potential markers of breast cancer progression, recurrence, and response. 期刊:Science Advances IF:13.116 DOI:10.1126/sciadv.aba5714 研究思路: 对循环小细胞外囊泡(sEV)进行蛋白质组学分析代表了一种有前景的、非侵入性的方法,用于乳腺癌(BC...
Multiplexed Cell Signaling Analysis of Metastatic and Nonmetastatic Colorectal Cancer Reveals COX2-EGFR Signaling Activation as a Potential Prognostic Pathway Biomarker 出处 Clinical Colorectal Cancer 研究机构 美国乔治梅森大学和意大利帕多瓦大学 简介
TCGA数据库“御用”靶向蛋白组学技术——RPPA钜惠来袭 我们有一些很棒的合作伙伴 Leading mulit omics analysis platform
Differential Analysis表示差异分析,结果示意如下 Survival Analysis表示生存分析,结果示意如下 4. Visualization 包含了以下两种可视化方式 Network Visualization Heatmap Visualization 该网站的数据是可以免费下载的 勾选自己需要下载的数据集即可。通过该网站,可以方便地对TCGA的蛋白质芯片数据进行挖掘。
Today, web-based data analysis pipelines exist for a wide variety of microarray platforms, such as ordinary gene-centered arrays, exon arrays and SNP arrays. However, most of the available software tools provide only limited support for reverse-phase protein arrays (RPPA), as relevant inherent pr...