6.3 RPKM转TPM (R语言) 1 Counts值 即比对(mapping)到基因组上的测序read数,又称为raw count。比对上1次,就是1 count。 后面的RPM,FPKM,TPM都是以此为基础计算得来. 2 RPM Reads per million mapped reads (每百万映射的reads) RPM=ExonMappedReads×106÷TotalMappedReads 即:单个基因/外显子mapped的read...
来自专栏 · 小杜的生信筆記-R语言学习 53 人赞同了该文章 目录 收起 前言: Count FPKM RPKM FPKM与RPKM的区别 RPM TPM 获得gene外显子长度 Code | 各表达量间的转化 PS:如果你需要本教程的练习代码和文档,可以在公众号回复“20220122”即可获得。 前言: 今早看到一篇博文,提到了FPKM与TPM间转化。我自...
RPKM <- normalizeGeneCounts(counts, TxDb, method = "RPKM") source("normalizeGeneCounts.R")#载入本地脚本 #以下分别生成校准后文件 RPKM <- normalizeGeneCounts(counts, TxDb, method = "RPKM") TPM <- normalizeGeneCounts(counts, TxDb, method = "TPM") CPM <- normalizeGeneCounts(counts, TxDb, ...
来自专栏 · R语言数据挖掘 上一节介绍了几种常见的定量格式,现在再记录一下计算实操,依旧使用TCGA的数据作为案例。 TCGA升级后可以一次性下载四种定量结果,包括Count、FPKM、Upper Quartile FPKM与TPM,在官网中也给出了详细的介绍: FPKM:The fragments per kilobase of transcript per million mapped reads (FPKM)...
文中这一步错了吧,“exp( log(counts) + log(1e9) - log(effLen) - log(N) )”,应为R语言计算矩阵除以向量的法则,得转置一下吧,exp(t( t(log(counts) + log(1e9) - log(effLen) )- log(N) ) ) 02-16 回复喜欢 灼灼 请问TPM可以转RPM吗 2023-04-15 回复喜欢 Becca...