同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度
二者区别仅在于，Fragment与Read。RPKM的诞生是针对早期的SE测序，FPKM则是在PE测序上对RPKM的校正。只要明确Reads和Fragments的区别，RPKM和FPKM的概念便易于区分。Reads即是指下机后fastq数据中的每一条Reads，Fragments则是指每一段用于测序的核酸片段【双端序列即使丢弃1端reads，让按照1个Fragments计算】...
同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度的分布。因为RPK是一个...
1. 学术界已经不再推荐RPKM、FPKM; 2. 比较基因的表达丰度,例如哪个基因在哪个组织里高表达,用TPM做均一化处理; 3. 不同组间比较,找差异基因,先得到read counts,然后用DESeq2或edgeR,做均一化和差异基因筛选;如果对比某个基因的KO组和对照,推荐DESeq2。
同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度的分布。因为RPK是一个...