下面是一个我放在bash脚本中的一般命令的例子,通过Qsub使用环境变量进行集群运行:mpiexec -np $np --machinefile $HOME/dna.machinefile $program.mpi.linuxgccrelease -database$ROSETTA3/数据库 -nstruct $nstruct -ex1 -add_orbitals -ex2 -use_input_sc -ignore_unrecognized_res@.$flag -mpi_tracer_to_fil...
另外,与此类似的方式是通过InitializeFromCommandlineTaskOperation,其允许我们在命令行输入【ex1】和【ex2】参数来控制 Rotamer采样。 # repack_only.xml <ROSETTASCRIPTS><SCOREFXNS><ScoreFunctionname="r15"weights="ref2015"/></SCOREFXNS><RESIDUE_SELECTORS></RESIDUE_SELECTORS><TASKOPERATIONS><RestrictToRepa...
一般来说,在chi1和chi2中增加一些额外的旋转体是有用的,尽管代价是更复杂的packer问题和更长的收敛时间。(还有其他方法来控制这个问题。例如,InitializeFromCommandlineTaskOperation 允许你在命令行上使用-ex1 -ex2选项来控制rotamers采样)。 因此,让我们创建两个TaskOperations。第一个将告诉packer在每个位置上只使用...
-in:file:s input_files/col_complex.pdb-in:file:native input_files/1v74.pdb-unboundrot input_files/col_complex.pdb-nstruct1-partners A_B-ensemble1 COL_D_ensemblelist-ensemble2 IMM_D_ensemblelist-ex1-ex2aro-out:path:all output_files-out:suffix _ensemble_prepack prepack运行完毕,xxx_ensemblel...
# 运行relax apprelax.mpi.macosclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:coord_constrain_sidechains -relax:ramp_constraints false -ex1-ex2 -use_input_sc -flip_HNQ -no_optH false @general_relax_flags 此处relax.mpi.macosclangrelease就是万金油公式中的Command,-s是Co...
-in:file:s Sbai.pdb-in:file:extra_res_fa HEM.paramsAGI.params-run::preserve_header-packing-ex1-ex2aro-ex2-no_optHfalse-flip_HNQtrue-ignore_ligand_chitrue-enzdes-cstfile LIG.cst-parser-protocol ligand_dock_2018.xml-out#-level100-nstruct100#-overwrite ...
1. ⾸先，⾮标准残基都需要转换成.params⽂件，使⽤ <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain=F --clobber --keep-names 转换，此命令会产⽣TPP_0001.pdb和TPP.params两个⽂件；3. 如果经过上⼀步产⽣了ligand_conformers.sdf...
pdb -ex1 -ex2 \ -use_input_sc > revert.log 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 4. 手动调整设计:用户可能希望纠正ROSETTA设计中的一些常见问题,比如暴露在界面边缘可能接触水的疏水性残基,将其修改为自然序列,将埋藏的带电氨基酸突变为疏水性氨基酸等。手动改进设计中没有硬性规则,仅仅取决于设计者的...
bundle/main/database -s 160ns0.pdb -mutants_list mut -output_mutant_structures -ex1 -ex2 -...
list -use_input_sc -ex1 -ex2 -nstruct 1 -parser:protocolMotifGraft_sc.xml 15mins产出一个scaffold 执行此脚本将为每个支架生成一个设计。要生成多个设计,需要使用MultiplePoseMover。 参见https://www.rosettacommons.org/docs/latest/scripting_documentation/RosettaScripts/ Movers / movers_pages / Rosetta...