Rosetta套件——源码安装+编译 在装RosettaDDGprediction时,READ.md文件中要求必须要装Rosetta套件,故此。 本机:WSL2(Ubuntu2020.04) 一、kimi:conda安装方法(没试过) 二、手动编译[1] 1.下载并解压 官网:https://rosettacommons.org download——选择学术版下载——选择最新版下载 大约5G (可开启Watt Toolkit加速...
先安装一下cudatoolkit=11.8.0 conda install cudatoolkit=11.8.0 which nvcc ###如果不是RFAA环境下的 export PATH=$CONDA_PREFIX/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH 3 conda env update --file environment.yaml 4 如果报错,通常DLLogger安装报错 pip install git+https...
对于RosettaFold,特别是RoseTTAFold2,通常不提供直接的Windows安装包,但你可以通过创建conda环境来安装。 双击安装包(如果存在的话)开始安装过程: 由于RosettaFold通常没有直接的可执行安装包,这一步骤可能不适用。但如果你找到了适用于Windows的安装包,双击它即可开始安装。 按照安装向导的指示完成安装: 如果你有安装...
conda 创建并激活环境——解压ddg_rosetta-master包——进入解压文件夹并python3.12 setup.py install 可以看到依赖项也都处理成功了 最后根据README再赋予可执行权限:chmod +x ./scripts/summarise_agg_ddg_data.sh Upon successful installation, you should have three executable (rosetta_ddg_run, rosetta_ddg_ ...
#激活环境 conda activate pycaret #设置环境变量: ROSETTA=/public/panxiao/tools/Rosetta_3.10/rosetta_bin_linux_2018.33.60351_bundle ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/databaseexport ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/binexport PATH=$PATH:$ROSETTA_BINexport LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRAR...
4.4 conda介绍 下午 教学目标:了解Rosetta封装好的应用(以relax为例)和Rosetta编写应用(以pack/min/pack为例) 四、结构扰动与结构优化 五、序列设计 PackRotamer和FastDesign 5、Minmover,MCMover, Fastrelax mover 5.1 Movemap 6、Rosetta组成和要素 6.1 FilterResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/DisulfidizeM...
这里值得注意的是,当你原始环境中存在conda时,原有的conda环境路径,会被替换为mamba的conda路径。 2. 将这个package克隆下来 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 git clone https://github.com/baker-laboratory/RoseTTAFold-All-Atom
conda create -n rosettafold2 python=3.8 -y conda activate rosettafold2 pip install -r requirements.txt (3)下载数据库 RoseTTAFold2需要多序列比对数据库来提供进化信息。可以从官方提供的链接下载: wget https://example.com/rosettafold2_database.tar.gz ...
5.2 Conda源安装(Python3.6环境) 参考:https://nbviewer.org/github/guyujun/chinese-pyrosetta/blob/master/1_PoseIO/0_0_Installation.ipynb 完全兼容Anaconda。 5.3 源代码编译(Python2.7环境) 首先你要使用Clang-4.3.2编译好的Rosetta_bundel Clang-4.3.2 ...
4.4 conda介绍 四.结构扰动与结构优化 五.序列设计 PackRotamer 和FastDesign 教学目标:了解Rosetta封装好的应用(以relax为例) 和RosettaScript编写应用(以pack/min/pack为例)。 5 MINMOVER, MC MOVER, FASTRELAX MOVER 5.1 Movemap 6 RosettaScript 组成和要素 ...