(2)蛋白-蛋白复合物形状互补度大致在0.6-0.8之间,说明模型结果更佳(3)氨基酸堆积紧密度(packstat)在0.65以上,那么模型较优(4)未饱和成键的极性原子数量(delta_unsatHbonds)数量越少,说明界面极性和非极性局部区域匹配地更好4.2 初猜构象的影响除此以外,蛋白-蛋白对接精度和可信度还和初始构象等有比较大的关系。
RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将,久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白复合物局部构象的探索。许多已发表的文章都是使用RosettaDock进行最后的优化,其地位可见一斑。 近年来,RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、多肽-蛋白对接的...
其中Hex Protein Docking算法复杂且每次耗时极长,ZDock一般作为前期的初对接,rDock为ZDock的升级算法,一般将ZDock对接后的前几个得分构象使用rDock进行进一步对接。今天想和大家介绍的是Rosetta的蛋白-蛋白对接模块,rosetta可谓一个蛋白质处理的全家桶,堪比Adobe在影像处理中的地位。 和其他对接一样,蛋白-蛋白对接也分为柔...
之前提到的蛋白对接,蛋白的骨架都是固定的,对于柔性蛋白对接,rosetta采用的是使用centroid模式对受体和配体进行构象采样,以受体或配体的构象集(ensemble)作为对接的输入,至于蛋白的构象集,可以使用非限制性的relax来实现,因为relax本身就是一个对蛋白结构进行采样(sample)程序。 首先,在做柔性对接前,我们要按以下格式分别...
之前提到的蛋白对接,蛋白的骨架都是固定的,对于柔性蛋白对接,rosetta采用的是使用centroid模式对受体和配体进行构象采样,以受体或配体的构象集(ensemble)作为对接的输入,至于蛋白的构象集,可以使用非限制性的relax来实现,因为relax本身就是一个对蛋白结构进行采样(sample)程序。
- 完备的说明文档 六、新手学习流程（Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用）1、从蛋白质折叠到蛋白质设计 2、Rosetta基础 3、蛋白质结构viewer、Linux和Python基础 4、结构扰动与结构优化 5、序列设计 6、蛋白-蛋白对接基础 7、抗体设计 8、CartisenDDG 突变扫描 9、RosettaScript应用 ...
RosettaDock4.0：蛋白-蛋白复合物对接预测详解 在蛋白-蛋白相互作用研究中，RosettaDock4.0凭借其在结构预测领域的卓越表现，尤其在处理柔性骨架的蛋白质复合物对接上，扮演着关键角色。其流程包括两个阶段，初始的低分辨率阶段关注骨架匹配，随后考虑全部侧链以实现更精确的相互作用能量计算。本文将深入介绍其...
六、蛋白-蛋白对接基础 🤝 教学目标:了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测方法。 内容:TRANSLAT 和 ROTATION MOVER FoldTree七、抗体设计 💉 教学目标:熟悉抗体模型预处理流程,掌握 RAbD 常用命令。 内容:抗体结构文件的处理 PyIgClassify 抗体抗原对接模型...
AlphaFold-Multimer 于 2021 年发布,使用 AF2 模型,但经过训练可以从多条链的序列中预测多聚体复合物。同样,传统的蛋白质-蛋白质对接算法可用于分析和预测复合物模型。在蛋白质-蛋白质对接中,单体结构(可以通过多种方式获得)用作输入,预测复合物的结构,具有不同亚基的有利方向。
教学目标:了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。 六、蛋白-蛋白对接基础 7、Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精细调整 7.3 FoldTree 教学目标:熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令 七、抗体设计 ...