(2)蛋白-蛋白复合物形状互补度大致在0.6-0.8之间,说明模型结果更佳(3)氨基酸堆积紧密度(packstat)在0.65以上,那么模型较优(4)未饱和成键的极性原子数量(delta_unsatHbonds)数量越少,说明界面极性和非极性局部区域匹配地更好4.2 初猜构象的影响除此以外,蛋白-蛋白对接精度和可信度还和初始构象等有比较大的关系。
之前提到的蛋白对接,蛋白的骨架都是固定的,对于柔性蛋白对接,rosetta采用的是使用centroid模式对受体和配体进行构象采样,以受体或配体的构象集(ensemble)作为对接的输入,至于蛋白的构象集,可以使用非限制性的relax来实现,因为relax本身就是一个对蛋白结构进行采样(sample)程序。 首先,在做柔性对接前,我们要按以下格式分别...
之前提到的蛋白对接,蛋白的骨架都是固定的,对于柔性蛋白对接,rosetta采用的是使用centroid模式对受体和配体进行构象采样,以受体或配体的构象集(ensemble)作为对接的输入,至于蛋白的构象集,可以使用非限制性的relax来实现,因为relax本身就是一个对蛋白结构进行采样(sample)程序。 首先,在做柔性对接前,我们要按以下格式分别...
一.从蛋白质折叠到蛋白质设计 目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。 1蛋白质折叠与结构预测简介 1.1主链二面角与二级结构 1.2侧链堆积与三级结构 2蛋白质设计简介 2.1蛋白质设计的分类及应用 二. Rosetta基础 三.蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础 教学目标:能够使用vim编辑器简单编辑文件,能够使用PyMOL或Ch...
RosettaDock4.0：蛋白-蛋白复合物对接预测详解 在蛋白-蛋白相互作用研究中，RosettaDock4.0凭借其在结构预测领域的卓越表现，尤其在处理柔性骨架的蛋白质复合物对接上，扮演着关键角色。其流程包括两个阶段，初始的低分辨率阶段关注骨架匹配，随后考虑全部侧链以实现更精确的相互作用能量计算。本文将深入介绍其...
5. Rosettafold详解 5.1 SE3网络 第三天 基于Alphafold的下游应用 1. AF2多体蛋白结构预测的关键问题与解决途径 1.1 多序列比对中序列拼接配对问题 1.2 模板匹配问题 2. 利用AF2做蛋白和多肽柔性对接 2.1蛋白质表面几何物理化学互补问题 2.3 多肽柔性/构象处理 ...
一、前言蛋白-蛋白对接是一个既复杂又重要的话题。从一开始的基于FFTs算法的刚性对接ZDOCK发展到现在整合实验信息与多步骤优化的HADDOCK、ClusPro、SwamDock等等的出现,该领域的算法一直不断地升级迭代。RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将,久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白复合物局部构象的探索。许多已发表的...
RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将,久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白复合物局部构象的探索。许多已发表的文章都是使用RosettaDock进行最后的优化,其地位可见一斑。 近年来,RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、多肽-蛋白对接的...
RosettaDock是蛋白-蛋白对接领域的一名老将,久经CAPRI的考验。特别擅长于蛋白-蛋白的局部构象的探索。包括已经发表的许多文章都是使用RosettaDock进行最后的优化,其地位可见一斑。 近年来,RosettaDock也发展出了针对特殊蛋白家族提供的算法如针对抗体-抗原对接的SnugDock、同源多聚体组装对接的SymmetricDock、以及多肽-蛋白...