MA图主要应用在基因组数据可视化方面,实现数据分布情况的展示。早期主要应用于DNA芯片数据,现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果的展示。 其计算公式如下: M一般做Y轴,A一般做X轴。 M常对应差异表达分析获得的差异对比组之间基因表达变化log2FC。 A可以利用差异对比组的FPKM进行计算,以R和G来表示差异对比...
MA-plot,即M-versus-A plot,也称为 Bland-Altman plot,主要应用在基因组数据or转录组的数据展示,主要是对于数据分布情况的可视化。该图将数据转换为M(对数比)和A(平均值),然后绘制这些值来可视化两个样本中测量值之间的差异。 原理 早期MA图主要应用于DNA芯片数据,现在常用于高通量测序数据中基因差异表达分析结果...
input:比对过了,倒进来的编号都对的上的 image.png 2、DESeq2差异化分析 2-1,先整理一下exprSet library(stringr) exprSet <- merge.data exprSet$geneid <- substr(exprSet$geneid,1,15) #切割基因ID exprSet <- exprSet[!duplicated(exprSet$geneid),] #去重复 row.names(exprSet) <- exprSet$...
此外,对于像GSEA这样的功能分析工具,它需要fold change值作为输入,而你希望提供缩小后的值。 MA图 一个对探索我们的结果有用的图是MA图。MA图显示了所有基因测试的归一化计数的平均值与log2 fold change。显著DE的基因被着色以便于识别。这也是一个很好的方式来说明LFC收缩的影响。DESeq2包提供了一个生成MA图的...
It is more useful visualize the MA-plot for the shrunken log2 fold changes, which remove the noise associated with log2 fold changes from low count genes without requiring arbitrary filtering thresholds. 注意:前面res结果已经按padj排序了,所以这次要按照行名升序再排列回来,否则和dds不一致 ...
说明: 这篇文章对比了多重RNA测序文库和RNA芯片的饱和度问题。其中mRNA-seq是polyA富集法,Ribo-Zero是核糖体去除法,DSN-Seq是双链特异性核酸酶处理法,FFPE是石蜡包埋样品。图上可以看出,约1350万read的mRNA-seq就能达到芯片的检测量。石蜡样品要求测序量要多一些才能达到饱和。
1.研究Ⅱ是全球范围首次对脊髓空洞疾病模型的单细胞RNA时空序列的完整“航拍”图。 2.脊髓中央管周围神经炎症反应以小胶质细胞亚群变化为特征。疾病相关的小胶质细胞(disease associated microglia,DAM)是从单细胞转录组学的角度建立的小胶质细胞亚型,这一亚型在脊髓空洞这类疾病中第一次确立,其意义重大,对于预测脊髓空...
图1. short-read,long-read和direct RNA-seq技术和工作流程 RNA-seq是一种集合实验方法和计算机手段的一种技术,它可以确定生物样本中RNA序列的特征性和丰度,也就是说,存在于每条单链RNA分子中的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤和尿嘧啶核糖核酸残基的组成顺序,可以...
plotMA(dds4, ylim=c(-2,2)) 代码语言:text 复制 #我们发现在左侧,有很多counts很小的基因,发生了很大的变化,但是没有明显意义。他们的counts很小,但波动性很大,对logFC产生了很大的影响。 #矫正后的MA图 在这句代码中,dd2 <- lfcShrink(dds, contrast=contrast, res=dd1),lfcShrink是一个函数,它对数...
2022年新春佳节将至,根据国务院办公厅放假通知,结合我司实际情况与工作安排, 我司放假时间为:2022年1月31日至2022年2月6日放假休息【佳学基因检测】RNAseq分析结果展示 为了将测试结果变成漂亮的图表,其中的一个图是:通过plotCounts函数,以DESeqDataSet、基因名称和数据fenzu作为参数,绘制特定基因的表达变化对比图。