AI代码解释 pkgs=c("BiocManager","RColorBrewer","pheatmap","ggrepel","devtools","tidyverse")sapply(pkgs,function(p)install.packages(p))# Bioconductorpackagepkgs=c("DESeq2","clusterProfiler","DOSE","org.Hs.eg.db","pathview","DEGreport","EnsDb.Hsapiens.v86","AnnotationHub","ensembldb")Bioc...
进一步分析显示,C3和C4中的DEG还受到H3K4me3的调控。最终,研究人员通过进一步的GO富集,确定了同时受到染色质开放性、H3K27me3和H3K4me3调控的1116个DEG参与了诸如生长素信号传导、根发育、分生组织起始和芽系统发育等重要生物学过程(图3d-e)。 图3 小麦再生过程中,基因表达动态与染色质开放性和组蛋白修饰关联 2、构...
RNA-seq至今已有近二十年的发展,为我们认知基因组功能助力巨大。RNA-seq最常用于寻找差异基因(DEG),也是如今最广泛的分析DEG的工具方法。同时RNA-seq的广泛应用极大地丰富了我们对于生物学方面的理解,如mRNA的可变剪接、ceRNA的网络等,给我们以前所未有的角度去理解RNA的生物学功能。但是RNA-seq技术大多还是基于短读...
生物信息学入门 使用 RNAseq counts数据进行差异表达分析(DEG)——edgeR 算法 数据 代码 结果解读,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
通过对两两组间的差异表达基因(DEG)进行分析,发现经PT诱导后,大脑和颅骨的基因表达谱在时间和空间上均存在差异。如空间上,S2B vs BC,4779个基因上调,4727个基因下调;而B2B vs BC,则只有1639个基因上调和243个基因下调。时间上,B6S vs B2S,5346个基因上调,5068个基因下调;S4S vs S2S,572个基因下调和424个基...
本文旨在通过RNA-Seq技术,识别胃癌不同阶段(I期、II期和III期)与正常组织之间的差异表达基因(DEG)、单核苷酸多态性(SNP)和转录因子(TFs)。作者利用Illumina测序平台,获得了超过4亿个读数,旨在全面解析胃癌的转录组变化。📈 数据分析流程: 数据读取和质控 ...
exists(opt_deg),"The folder already exists.",dir.create(opt_deg,recursive = T)) anoinfo <- count[,1:3] ###过滤数据 count <- filterGeneTypeExpr(expr = count, fil_col = "gene_type", filter = FALSE) ##过滤不表达的基因 count <- count[apply(count,1,var) !=0,] ##肿瘤组织样本...
(DEG) # 设定阈值,筛选显著上下调差异基因 logFC <- 1 Pvalue <- 0.05 DEG_DESeq2$Group <- ifelse(DEG_DESeq2$log2FoldChange > logFC & DEG_DESeq2$padj < Pvalue,"Up", ifelse(DEG_DESeq2$log2FoldChange < -logFC & DEG_DESeq2$padj < Pvalue, "Down","Stable")) table(DEG_DE...
(E) 基因本体论(GO)富集分析显示了来自(C)的DEG的代表性生物过程和途径。最具代表性的术语是显示了富集在几个相似术语中的基因集。术语是根据基因计数进行排名的。 图三 表观基因组学分析鉴定了成年小鼠脑EC中富集的转录因子及其推定靶点。 图三 (A) 脑(BR_EC)、肺(LG_EC)和肝(LV_EC)内皮细胞中的差异...