该研究作者通过ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得了转录因子CsAtf1的靶基因CsCyp51G1,通过研究进一步揭示了暹罗炭疽菌对咯菌腈反应的作用机制。爱基百客为该研究提供ChIP-seq、RNA-seq的技术支持。 研究思路 研究结果 一、CsAtf1调控的下游靶基因的鉴定 为了深入了解CsAtf1的调节功能,对野生型和∆CsAtf1突变株进行转录...
与精子中对饮食敏感的启动子重叠的在滋养外胚层(i)或胞衣(ii)中表达的基因的GO分析 结论: 本研究利用染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 和转录组测序(RNA-seq)技术,表明精子 h3k4me3可能作为一种代谢传感器,通过胞衣将父方的饮食与后代的表型联系起来。这种基于非 DNA 的遗传知识有可能提高我们对环境如何塑造遗传...
所以大家需要自己从这个文章里面的ChIP-seq和RNA-Seq的原始fastq文件开始,下载后,自己走我们的两个流程。就是前面的: 学徒第2月,RNA-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码:p6fo 学徒第4月,ChIP-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 ...
作者利用Small RNA-seq、ChIP-seq、Y2H 、Western blotting、Co-IP和BiFC技术,从表观遗传水平揭示了稻曲菌利用效应蛋白操纵水稻组蛋白去乙酰化抑制寄主免疫的新机制。爱基百客为该研究提供Small RNA-seq和ChIP-seq的技术支持。 研究背景 稻曲病是水稻生产中的重要病害之一,广泛分布于亚洲、美洲、非洲、欧洲等四十多...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
本研究采用RNA-seq和CHIP-seq数据关联分析,分别从整个转录水平和全基因组水平研究Opaque2突变型玉米的表达情况,并搜索O2在全基因组水平的DNA位点情况,联合两者分析揭示差异基因是否为O2所调控。 参考文献: Genome-Wide Characterization of cis-Acting DNA Targets Reveals the Transcriptional Regul...
1.3 RNA-Seq需要的hisat2的索引文件 可以根据参考基因组构建,但是推荐下载构建好的索引。 http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#h-sapiens QQ截图20220822104616.png ##浏览器下载bdgp6.tar.gz 或者wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/bdgp6.tar.gz ...
重头戏是ChIP-seq和RNA-Seq联合分析 其实就是取交集,因为ERα 的ChIP-seq数据得到的peaks对应的基因是已知并且固定的,所以把这个基因拿去跟转录组的差异分析上下调基因分别去取交集,做韦恩图,其中一个交集如下所示: 其中一个交集如下所示 并且对交集后的基因列表进行再次生物学功能数据库注释以及motif查看。
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
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