RIsearch2预测RNA-RNA互作的原理是什么? 背景 非编码RNA经常和其它RNAs形成配对(双链)发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上,两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具,可以在给定的query和target序列之间形成互
蛋白质与RNA互作是指蛋白质与RNA分子之间的相互作用。这种互作在生物体内广泛存在,参与基因表达调控、RNA加工和转运等多种生命过程。蛋白质通过与RNA结合,影响RNA的结构和功能,进而调控生物体的生理和病理过程。那么如何用AlphaFold3预测蛋白质与RNA互作呢?第一步,通过Uniport网站获取候选基因的蛋白质序列(以MYC为例)...
MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。 Degradome-RNA:该模块专门用于分析RNA的降解模式,主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序,从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因。 RNA-RNA:该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。 ceRNA-Network:本模块提供3个子模块,即mRNA-ceRNA...
catRAPID是一个强大的RNA蛋白互作预测工具。它具有以下特点和功能：准确预测：catRAPID能够准确预测蛋白质与RNA之间的结合倾向，适用于了解已知蛋白可能结合的RNA，以及预测特定RNA的互作蛋白。直观易用的界面：用户只需访问s.tartaglialab.com/page…即可进入catRAPID的使用界面，按照步骤填写信息后，即可在...
catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。 链接:http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group打开链接,界面如下图所示: 主要针对catRAPID omics v2.0这一模块进行介绍。
catRAPID的使用方法直观且易懂。首先，访问s.tartaglialab.com/page...，进入界面。对于已知蛋白预测RNA，只需按照步骤填写信息，大约10-30分钟即可收到预测结果，包括交互矩阵和详细的数据表，如交互倾向、Z值和星级评定。这些信息不仅能帮助你理解蛋白质与RNA的潜在结合区域，还有助于优先级排序。同样，...
本文将就RNA互作网络和蛋白质结构的预测方法进行分析和探讨。 一、RNA互作网络 1.1 RNA互作网络的基本概念 RNA互作网络是指通过分子生物学,计算机科学,生物信息学等交叉科学研究方法,构建基于RNA互作关系的全局网络结构。这个网络结构包括RNA互作关系网络,RNA相关蛋白质网络,RNA-mRNA网络等。RNA互作可以象征性地理解为在...
分别输入lncRNA的序列以及蛋白的序列,进行两者互作的预测 3 预测结果查看 如果都大约0.5就说明两者存在互作,当然大家也可以输入已知与该lncRNA互作的蛋白作为对照,这样结果就更可信了。 4 上面的示范是单个lncRNA和单个蛋白之间的互作,除此之外,还可以单个lncRAN和多个蛋白,或者单个蛋白和多个lncRNA之间进行预测哦,预测...
RNARNA互作,靶基因预测,定位以互作,靶基因预测,定位以 及疾病分析数据库及疾病分析数据库 RNA-互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中,同时也在更新计划中,有需要可以关注。 Refernce 1.RAIDv2.0:RNA-RNA、RNA-Protein互作模式,http://.rna-society/raid/ ...
本发明公开一种引入注意力的多尺度CNN‑BiLSTM非编码RNA互作关系预测方法,属于生物信息学和深度学习领域。包括:(1)提出一种适用于基因序列的编码方式k‑mers;(2)使用多尺度卷积核代替单一尺度卷积核,从而捕获序列间不同长度主题特征,丰富特征多样性,提高模型预测性能;再对每个卷积出来的特征映射使用多个不同尺度的...