非编码RNA经常和其它RNAs形成配对(双链)发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上,两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的强有力预测基础。RIsearch2是RNA-RNA相互作用预测工具,可以在给定的query和target序列之间形成互补定位。使用基于suffix arrays的seed-and-extend框架,RIsearch2可以发现RNA...
RNA结合区域:在蛋白质序列中发现的RNA结合结构域发生次数。 RNA结合基序:在RNA序列上发现的RNA结合基序的实例。 保守的相互作用:基于相互作用倾向,对具有较高RBP倾向的蛋白质给予更高的优先级。 星级评定:分数是三个单独值的总和,即catRAPID标准化倾向、RNA/DNA结合域和无序区域的存在以及已知RNA结合基序的存在。 03...
本文将就RNA互作网络和蛋白质结构的预测方法进行分析和探讨。 一、RNA互作网络 1.1 RNA互作网络的基本概念 RNA互作网络是指通过分子生物学,计算机科学,生物信息学等交叉科学研究方法,构建基于RNA互作关系的全局网络结构。这个网络结构包括RNA互作关系网络,RNA相关蛋白质网络,RNA-mRNA网络等。RNA互作可以象征性地理解为在...
MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。 Degradome-RNA:该模块专门用于分析RNA的降解模式,主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序,从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因。 RNA-RNA:该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。 ceRNA-Network:本模块提供3个子模块,即mRNA-ceRNA...
分别输入lncRNA的序列以及蛋白的序列,进行两者互作的预测 3 预测结果查看 如果都大约0.5就说明两者存在互作,当然大家也可以输入已知与该lncRNA互作的蛋白作为对照,这样结果就更可信了。 4 上面的示范是单个lncRNA和单个蛋白之间的互作,除此之外,还可以单个lncRAN和多个蛋白,或者单个蛋白和多个lncRNA之间进行预测哦,预测...
RNA互作,靶基因预测,定位以及疾病分析数据库 第1页 RNA-互作、定位、疾病数据库第2页互作定位疾病*RAID2.0中有这两个数据库旳部分数据整合在其中,同步也在更新计划中,有需要可以关注。第3页RefernceRAIDv2.0:RNA-RNA、RNA-Protein互作模式,http:///raid/RNALocate:RNA旳亚细胞定位数据库 ,http:///rnalocate/...
catRAPID的使用方法直观且易懂。首先，访问s.tartaglialab.com/page...，进入界面。对于已知蛋白预测RNA，只需按照步骤填写信息，大约10-30分钟即可收到预测结果，包括交互矩阵和详细的数据表，如交互倾向、Z值和星级评定。这些信息不仅能帮助你理解蛋白质与RNA的潜在结合区域，还有助于优先级排序。同样，...
RNA互作，靶基因预测，定位以及疾病分析数据库 RNA－互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中，同时也在更新计划中，有需要可以关注。Refernce 1.RAIDv2.0：RNA-RNA、RNA-Protein互作模式，http://www.rna-society.org/raid/2.RNALocate：RNA的亚细胞定位数据库，http://www.rna...
RNA－互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中，可以关注。RAIDv2.0RNA-RNA、RNA-Protein互作 http://www.rna-society.org/raid/ RAIDv2.0数据构成和打分系统 RAIDv2.0共包含mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、tRNA等10余种类型，超过527万条数据。可通过主页上的“Statistics”...
LncRNA(Long non-coding RNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA。LncRNAs作用范围广泛,机制非常复杂,可以与DNA、RNA、蛋白质互作,参与表观、转录、转录后等多个层面的调控,在生命活动中有重要作用。LncRNA可以与miRNA互作,作为ceRNA并吸收miRNA,抑制miRNA的作用,促进mRNA表达。常见的靶基因预测网站TargetScan、microRNA等...