不同于一般的拟时分析,RNA velocity的结果数据是以高维数据进行储存的,在结果呈现时,再通过与细胞降维一样的降维方式嵌入到细胞分布图中。那也就意味着,RNA velocity的数据可以嵌入普通的tSNE、UMAP降维,也可以嵌入monocle、PAGA构建的细胞轨迹。这种兼容性使得RNA velocity与其他拟时分析结果之间具有相互印证的可能性。
此外,RNA velocity分析能够更充分地利用生物学信息。在传统的单细胞转录组分析中,大多数分析软件只利用了细胞表达量的信息,里面同时包含剪接RNA和非剪接RNA,也即将两者混为一谈,从reads到表达量之间的信息完全被忽略了。现有测序技术得到的reads完全能投射到内含子和外显子部分, 从而得到剪接和非剪接的RNA,进而开展RNA...
RNA Velocity可以用于预测不同类型的细胞在未来发育过程中的基因表达情况。该方法可以帮助我们更好地理解生物体内不同类型的细胞之间的差异和联系,并为研究生物体发育和疾病提供新思路。 5. 总结 RNA Velocity是一种基于单细胞转录组数据的分析方法,可以预测细胞在未来发育过程中的基因表达情况。该方法通过对单细胞转录组...
RNA velocity分析与monocle等软件对比,有一定的优势,一是他代表的是细胞在某一刻的潜在分化方向,而不是一条连贯的细胞轨迹,所以无需运用生物学的先验经验来在分析中指定起点和终点;二是他的数据兼容性强,结果数据以高维数据存储,可以嵌入到tSNE、UMAP降维分布图和monocle、PAGA构建的细胞轨迹中,因此他能与其他拟时分...
RNA Velocity是一种用于分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中细胞动态变化的方法。它基于转录组数据来预测细胞的未来状态,从而揭示细胞在发育、分化或疾病过程中的动态行为。 # 1. RNA Velocity的基本原理 RNA Velocity通过分析细胞中mRNA的丰度和未成熟mRNA(如pre-mRNA)的丰度来估算每个基因的转录速率和降解速率。这些...
单细胞RNA速率(RNA velocity)分析结果解读 RNA速率分析细胞发育轨迹的方法相对于monocle3的分析方法更具优势,因为RNA速率直接从基因的转录剪切层面出发评估基因的转录与表达水平,进而推断细胞发育轨迹,方法更具优势。下面介绍其分析原理与结果解读: 基因启动表达会出现未剪切mRNA的增加,而相反转录的抑制或缺失导致未剪切mRN...
在之前的一个视频学习系列笔记里,有一篇笔记提到了RNA velocity(Single cell RNA-seq data analysis with R视频学习笔记(八)),但当时没有仔细的去对RNA velocity进行详细的了解。这篇文献学习笔记就是对这个模型进行更详细的了解。 文献:RNA velocity of single cells ...
RNA velocity原理此前已经介绍过,参考单细胞测序的轨迹推断。 1. loom文件准备 由于RNA velocity分析的前提是要我们从单细胞RNA-seq的数据中区分出未成熟的mRNA(unspliced)和成熟的mRNA(spliced),所以需要从fastq文件开始,与基因组进行比对后得到sam文件,从sam文件转成bam文件,再从bam文件中提取spliced,unspliced和amb...
这里有个PPT,总结了该工具的基本算法。RNA_velocity.pptx 另外有一个叫velocyto可以分析。示例分析:RNA velocity analysis.pptx 针对velocyto会再开一个简易教程。 参考: What happens to the mRNA after it has completed its job at the ribosome and the protein has been released?
La Manno et al. (Nature, 2018)[1]引入了 RNA 速率的概念,利用新转录的未剪接的前体 mRNA 和成熟的剪接 mRNA 可以在常见的单细胞 RNA-seq 流程中区分的事实,可以恢复定向动态信息,前者可通过内含子的存在检测。这种不仅测量基因活性,而且测量它们在单个细胞中的变化(RNA 速率)的概念,开辟了研究细胞分化的新...