对于三代测序RNA-Seq数据,可以考虑使用 minimap2 或 STARlong 工具进行比对。这些工具在处理RNA测序数据时表现出色,能够有效地捕获可变剪切事件,提高比对的准确性和效率。免比对方法进行计数:当涉及到免比对的RNA-seq分析方法时,一些常用的工具包括Sailfish、Kallisto和Salmon。这些工具将参考基因组和测序数据reads转换为k...
1、 原始数据产出统计 2、过滤掉低质量reads后的数据统计 3、高级生物信息分析结果报告 利用Trinity (Version: r2011-08-20) 进行de novo assembly, Trinity参数:--min_kmer_cov 2 -- min_contig_length 100 --run_butterfly。拼接后的转录本,通过PERL脚本去冗余,在同一个component ID的序列中选择最长的一个...