RNA-SEQ(七):TBtools做GO富集分析及R中的可视化 题目:对DEseq2差异分析得到的差异基因进行GO富集。 目的:旨在对基因和蛋白质功能进行限定和描述的。 内容: 1. 下载GO注释背景文件,准备好需要富集的基因列表。 2. 将数据上传到TBtools中进行基因富集。 数据:进一步筛选得到的差异基因列表。 工具:TBtools。 步骤: ...
现,对外完全释放 /即免费公开 TBtools RNAseq 系列插件,让任何人都能从转录组测序数据开始,针对自己的具体需求,挖掘自己需要的生物信息。 RNAseq系列插件介绍 往往,我为了实现一系列的分析,会分成多步走。比如 TBtools 的热图工具,他是一天写完,但也不是一天就写完。写之前,有 JIGplot 的各种优化,有聚类算法的实...
等待几分钟(具体看CPU和硬盘IO,抱歉,我发现我的新电脑,只花了2分钟,惊呆了),可以在输出目录看到输出文件。 对于这个文件,直接使用 TBtools 的 SAMtools GUI Wrapper 插件,进行排序即可(这个插件也在插件商店可以下载,也支持批量操作)。 排序结束,可以看到输出文件 其中有了两个文件就可以直接用 IGV 进行可视化了。
比如 TBtools 的热图工具,他是一天写完,但也不是一天就写完。写之前,有 JIGplot 的各种优化,有聚类算法的实现,有Newick树的解析等等;写之后,还有大量新的思路和想法来优化。同样的情况也发生在 RNAseq 系列插件上。 整体上,覆盖了数个功能,四个插件: SRA 数据查询与整理:SRA XML to Table,见推文:挖掘SRA的辅...
直接在 TBtools 中开展转录组数据分析,尤其上游,从「原始测序数据(.sra/.fastq)」到「基因表达量与差异表达基因」。 如此,任何人都能轻松地直接在 Windows 下 或者 MacOS 下开展 RNAseq 数据分析。 为什么要掌握转录组数据分析技能? Ø时时刻刻看遍基因表达: ...
将所测的代谢物含量及其酶基因表达量用 Tbtools进行热图分析,绘制代谢通路图。 二、谷子样品转录组测序 选取超早熟 xiaomi,分别取萌发后 2 周的叶、出苗 30 d 和 80 d 的倒 2 叶,授粉期的谷穗和抽穗2天后的谷穗,灌浆期的根、茎、旗...
TBtools | 在「Windows」下界面化ChIPseq/DAPseq数据分析 生信石头 42831 P5【KEGG Pathway 通路富集分析】-分析实例 @微生物所张倩 生信石头 1.1万1 1:32:00 科研神器-TBtools- 90分钟完全掌握基因家族分析~ 生信石头 38:58 深入理解热图绘制 - 第三课 | 实践操作part1 ...
B站视频「TBtools-RNAseq」界面化转录组数据分析使用指北 凌晨录制的讲演,年前填补两年前的坑。 直接在 TBtools 中开展转录组数据分析,尤其上游,从「原始测序数据(.sra/.fastq)」到「基因表达量与差异表达基因」。 如此,任何人都能轻松地直接在 Windows 下 或者 MacOS 下开展 RNAseq 数据分析。 为什么要掌握转录...
定量需要两步，第一步是对你的数据建立index。之后就能用建立好的index做RNA-seq数据定量。 建立目录的命令很简单：由于可变剪切等原因，同一个mRNA可能有不止一个isoform，如果你只在乎某个基因转录了多少，不在乎有多少同一个mRNA有多少个isoform的话，那么可以用TBtools提取每个mRNA的最独特的序列。
下面推荐一款可以不需要会linux命令的分析软件TBtools，可以直接做RNA-seq分析，对初学者比较友好：数据质控...