研究使用RNA-seq、Ribo-seq和深度学习算法联合分析了转录组范围的翻译和结构特征,并且将结果扩展到其他生物体中,揭示了uAUG-ds作为调节基因表达的分子开关,动态调节防御性蛋白基因及肿瘤抑制基因的表达。
RNA-seq主要从转录组水平分析基因的表达调控机制,检测用于核糖体翻译的RNA序列及二级结构。Ribo-seq主要用于检测核糖体翻译的起始位置、翻译富集区和翻译终止位置。RNA-seq与Ribo-seq联合分析可以准确检测mRNA上游5’UTR区的uORFs翻译调控结构,揭示生物模式触发免疫下的翻译调控机制。 文献速递 2023年发表在Nature上的“P...
研究使用RNA-seq、Ribo-seq和深度学习算法联合分析了转录组范围的翻译和结构特征,并且将结果扩展到其他生物体中,揭示了uAUG-ds作为调节基因表达的分子开关,动态调节防御性蛋白基因及肿瘤抑制基因的表达。
ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样本进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq,分别统计得到的clean reads数、Q20、Q30比例。qRT-PCR结果与RNA-seq数据一致,PCA分析表明样本重复性很高。 2 在转录和翻译水平上对寒冷响应 1)翻译特征总结。RFs长度在32nt左右,主要在CD...
Ribo-seq技术的优化包括缓冲液和酶的优化,可以更清楚地揭示Ribo-seq数据的3 bp周期性,以及barcode和UMI的使用可以确定单分子事件。尽管最近开发了用于寻找开放阅读框,用于差异或isoforms水平翻译分析和用于研究密码子偏好性的特定工具,但标准RNA-seq工具仍可用于计算分析。Ribo-seq的主要局限性在于依赖超速离心和由于核酸...
根据文献,从GEO数据库下载原始测序文件,RNA-seq双端100bp,Ribo-seq单端50bp,两种方式各三个生物学重复。 原始文件 module load sratoolkit/2.9.6 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载原始测序数据,ncbi,GSE124962,路径~/ncbi/public/sra/ ...
Ribo-seq技术的优化包括缓冲液和酶的优化,可以更清楚地揭示Ribo-seq数据的3 bp周期性,以及barcode和UMI的使用可以确定单分子事件。尽管最近开发了用于寻找开放阅读框,用于差异或isoforms水平翻译分析和用于研究密码子偏好性的特定工具,但标准RNA-seq工具仍可用于计算分析。Ribo-seq的主要局限性在于依赖超速离心和由于核酸...
每个样本平均测20-30 millionreads,对每个基因或转录本进行定量,再统计分析差异基因(参考RNA-seq数据分析部分)。short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的...
图5. 叶绿体基因的RNA-seq和Ribo-seq分析 案例6:转录组+翻译组分析分泌型微肽C4orf48通过RNA结合机制增强肾纤维化 英文标题:The secreted micropeptide C4orf48 enhances renal fibrosis via an RNA-binding mechanism 发表期刊:Journal Of Clinical Investigation ...
InPACT方法包括序列模块(Sequence Module)和读段模块(Read Module)两部分,分别用于对polyA位点上下游序列特征以及末端外显子上的RNA-seq读段分布特征的学习。通过基于Ribo-seq数据的翻译水平分析,以及3’RACE实验验证等,该研究进一步证实了I...