RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度的影响。随...
基因表达量通常通过计算与该基因相关的 reads 总数获得,而转录本表达量则是针对特定转录本进行的计数。 为了让不同样本之间的测序结果具有可比性,会用到一些标准化的指标,比如 RPKM、FPKM 和 TPM。RPKM 和 FPKM 计算方法类似,区别在于 FPKM 针对双端测序。它们在计算时先去除测序深度的影响,但没有考虑到基因转录本...
RNA-seq是目前生信一个重要的技术组成和科研内容。一般来说,我们在RNA-seq进行差异分析时最好使用Count值,因为limma-voom、edgeR和DESeq2都是针对RNA-seq的Count值分布进行假设,从而设计的软件。但是,在实际过程中,我们并不是总能获得其Count值,而经常得到的是FPKM或者TPM值,那对于这种情况,我们能不能使用类似于分...
我们又见面了! 我们在生物信息学100个基础问题 ——第36题 RNA-Seq 数据的定量基本假设以及TPM中为大家简单介绍了RNA-Seq使用RPKM/FPKM/TPM指标定量时的2个基本假设: 1是绝大多数的gene表达量不变; 2是高表达量的gene表达量不发生改变; 可是在一些比较特殊的样本体系下,这两个基本假设有可能不能同时符合。比如...
表1. 转录组测序中基因A表达量（FPKM）SampleKD1KD2KD3WT1WT2WT3logFCPValue Value109.68109.16112...
用FPKM数据或者RPKM数据。
read counts是测序之后每个基因测到的reads数量，可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads...
Q9、FPKM=0表示该基因不表达,即无reads比对到该基因/Unigene上。既然Unigene都组装出来了,为什么在表达量计算时会出现FPKM=0的情况? A:这种情况会出现在合并组装的项目中,合并组装的 Unigene 在其中某个样品中出现FPKM=0 的情况是正常现象。 Q10、无ref转录组测序时,为了节约经费想用已发布Unigene库,可以吗?
衡量gene表达量,对于foward gene来说,如果有互补链的reads,在计算FPKM的时候需不需要把互补链的reads都去掉?如果是链特异性的RNA-Seq建库呢?为什么? 4.2 第2个问题,请结合我们的Bioconductor教程来进行。 请尝试分析human genome gene 的overlap的情况。
翻译一下就是，expected_count 使用 DESeq2 进行标准化，而 norm_count 使用上四分位数方法进行标准化...