RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度的影响。随...
FPKM = Fragments Per Kilobase per Million mapped reads 大家可以比较清楚看出来,RPKM中的R指的是Reads,FPKM中的F是指Fragments,Reads都比较好理解,就是我们的测序短的片段,那么fragment是什么呢?这是以为我们现在测序一般来说都是测双端测序(paired-end sequencing),那么在mapping回参考基因组的时候就会有两条read...
基因表达量通常通过计算与该基因相关的 reads 总数获得,而转录本表达量则是针对特定转录本进行的计数。 为了让不同样本之间的测序结果具有可比性,会用到一些标准化的指标,比如 RPKM、FPKM 和 TPM。RPKM 和 FPKM 计算方法类似,区别在于 FPKM 针对双端测序。它们在计算时先去除测序深度的影响,但没有考虑到基因转录本...
RNA-seq是目前生信一个重要的技术组成和科研内容。一般来说,我们在RNA-seq进行差异分析时最好使用Count值,因为limma-voom、edgeR和DESeq2都是针对RNA-seq的Count值分布进行假设,从而设计的软件。但是,在实际过程中,我们并不是总能获得其Count值,而经常得到的是FPKM或者TPM值,那对于这种情况,我们能不能使用类似于分...
图3表明,在RNA-Seq中增加ERCC的绝对量是可以获得FPKM的绝对量的增加,并且两者成非常好的线性关系。这也是我们能够对RNA-Seq样本进行掺入内参的一个基本前提。 4. R里面可以使用哪个包来进行相关的操作? 说了这么多,那么如果真的有一套带有ERCC spike-in的RNA-Seq数据,我们应该怎么分析呢?其实在2014年的时候Natur...
read counts是测序之后每个基因测到的reads数量，可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads...
衡量gene表达量,对于foward gene来说,如果有互补链的reads,在计算FPKM的时候需不需要把互补链的reads都去掉?如果是链特异性的RNA-Seq建库呢?为什么? 4.2 第2个问题,请结合我们的Bioconductor教程来进行。 请尝试分析human genome gene 的overlap的情况。
翻译一下就是，expected_count 使用 DESeq2 进行标准化，而 norm_count 使用上四分位数方法进行标准化...