RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度的影响。随...
1、 碱基质量值(Quality Score或Q-score)是碱基识别(Base Calling)出错的概率的整数映射。碱基质量值越高表明碱基识别越可靠,碱基测错的可能性越小。 2、Q30碱基质量值为Q30代表碱基的精确度在99.9%。 3、FPKM(fragments per kilobase of exon model per million mapped fragments)每百万个比对上的片段中比对到外...
RPKM/FPKM并不能准确代表相对RNA摩尔浓度,并且可能存在偏差,使得识别差异表达基因的结果偏向于不同。这是因为每个样本的总标准化计数都会不同,于是有科学家提出TPM(每百万转录本)作为RPKM的替代方案。 通过将基因的RPKM除以所有基因的RPKM值之和,并乘以10^6,可以将RPKM值转换为该基因的TPM。 TPM相当于重新标准化的...
3、选择具有统计学差异的基因,比如pvalue<0.05甚至qvalue<0.05(另外如果样本类型异质性较高且在进行测序时生物学重复数偏低情况下,即使p值大于0.05,在其表达量尚可且变化幅度尚可的情况下也是可以考虑的); 4、选择表达量比较高的基因,在比较的样本组中,至少有一组样本的基因表达丰度(FPKM值)平均值大于10(不是绝对...
我在前面的文章中就有介绍:RNA-seq的counts,RPM, RPKM, FPK值到底有什么区别?。如果从原始的下机数据开始分析,那就根据自己需要进行转换,但通常我们大多数拿到的是raw counts数据,一般送测序,也会要求返回raw counts的数据,从数据库下载的数据我们通常也是选择raw counts数据或者FPKM的数据。那么我们如何将这些数据...
利用公式转换与推导,TPM值就是RPKM的百分比,RPKM/FPKM与TPM可以互相转换。TPM等于该基因的FPKM占所有基因的FPKM的总和的比例乘以一百万,即每个样本所有基因的TPM加和等于一百万,类似于样本间标准化。 参考视频:https://www.youtube.com/watch?v=TTUrtCY2k-w&lis...
一般来说,我们在RNA-seq进行差异分析时最好使用Count值,因为limma-voom、edgeR和DESeq2都是针对RNA-seq的Count值分布进行假设,从而设计的软件。但是,在实际过程中,我们并不是总能获得其Count值,而经常得到的是FPKM或者TPM值,那对于这种情况,我们能不能使用类似于分析芯片的方法进行差异分析呢?
FPKM:Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments(每千个碱基的转录每百万映射读取的fragments) Reads Count:特定基因的reads计数。 Gene Length (bp):基因的长度,以碱基对(bp)为单位。 Total Reads Mapped:在样本中映射到参考基因组的总reads数,通常以百万为单位,即106。
要求出FPKM值,需要获得三个参数。 cDNA Fragments:为单个基因比对到基因组上的reads数,在测序数据里就是count值。HTseq处理后可以直接得到的结果。 Mapped Fragments:指每个样品中所有基因比对到基因组上的reads数。也就是用求和函数sum()将单一样品的count值全部加起来。注意,由于单位是百万,所以求和后需要除以10^6...
FPKM:同RPKM是一样的,只是RPKM用于单末端测序,而FPKM用于双末端测序。 TPM:TPM的计算方法其实也同RPKM很类似,同样的对基因长度和测序深度进行标准化;即counts先除基因长度,再除总reads数。这样每个样本最后的“结果和”都相等,不同样本间差异更清楚。这就意味着TPM数值能体现出比对上某个基因的reads的比例,使得该...