TPM与RPKM/FPKM的区别:从计算公式来说,唯一的不同是计算操作的顺序,TPM是先去除了基因长度的影响,而RPKM/FPKM是先去除测序深度的影响,具体可看这篇博文,有计算步骤的详细说明;TPM实际上改进了RPKM/FPKM方法在跨样品间定量的不准确性。 TPM的使用范围与RPKM/FPKM相同。 4.三者之间的比较 raw count作为原始的read...
RNA-seq是一种使用下一代测序技术来揭示生物样本中RNA存在和数量的方法,它代表的是细胞某一时刻的“RNA动态池”。而FPKM呢,是RNA-seq测定得到的一个标准化指标,用于表示每个基因或转录本的相对表达丰度,它是根据测序深度和基因长度来进行标准化的。所以说,FPKM是RNA-seq数据分析中的一个环节,两者不是一回事儿。
RPKM/FPKM (Reads/Fragments per kilo base per million mapped reads) RPKM/FPKM方法:10^3标准化了基因长度的影响,10^6标准化了测序深度的影响。 FPKM方法与RPKM类似,主要针对双末端RNA-seq实验的转录本定量。在双末端RNA-seq实验中,有左右两个对应的read来自相同的DNA片段。在进行双末端read进行比对时,来自同一...
在同一个样本中,不同的RNA可能有不同长度,长度越长,对应的reads就越多;在不同的样本中,它们可能有不同的测序深度,深度越深,对应的reads也越多。不同样本的raw count很难直接进行比较,因此,RPKM和FPKM、及TPM应运而生。 RPKM:Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录...
一般来说,基因的RPKM/FPKM值越高,其表达水平越高。 在CPM的基础上,如果考虑基因的长度,将这个因素引入到计算公式中,就有: 其中li是基因的长度(以千碱基为单位),10^3是用于基因长度的标准化的因子,而10^6则是用于测序深度的标准化因子。 举个例子,某次RNA-seq中测序了一个包含500万个读数的文库。其中,总共...
FPKM(Fragments per kilobase of exon per million mapped fragments) 名字中的“fragment”可以简单理解为reads,区别在于双端测序(fragment)或单端测序(read)。 计算: 该基因的reads数 / 总reads数(姑且称作该基因的reads比例) 该基因的reads比例 / 该基因的长度 TPM(Transcripts per million) 计算: 该基因的reads...
两者的区别在于RPKM是单末端RNA-seq,FPKM是双末端RNA-seq,后者的两个末端均可匹配到基因组,故每个DNA片段可得到2个reads。有时候双末端中一个末端reads质量低,仅余下一个末端具有高质量的reads。FPKM记录的是DNA片段的轨迹,故配对的2个reads并不会被记录两次。
RNA-seq中的那些统计学问题(二)FPKM/RPKM之外的那些标准化方法https://www.jianshu.com/p/cd2888fec66b https://www.omicsclass.com/article/1113 标准化count的方法有许多,如R包deseq2、limma、edgeR等,而这些包的输入也只能是count,而不能是做过均一化的FPKM等。(这是由后序分析需要用到的统计学方法决定...
RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) image.png TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似,首先使用式2计算每个基因的表达值,去除基因长度...
PCC of FPKM(这里因为样本太多就挑选了一些样本) 3.层次聚类(hierarchical clustering)。目的同上,生物学上相近的样品应该聚在一起,不同的相距较远。 三.上述几个标准都符合后,我们就可以开始对数据进行分析了,首先是看你的分析目的。 RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课...