目前链特异性文库的建库方法有很多种，主要分为2类。第一类是在RNA的3’和5’端加上不同的接头，2个不同的接头序列标记RNA的3’和5’端（图1A）。第二类依赖于化学修饰标记一条链，使得碱基发生变化或链被降解（图1B）。不同RNA样本如何构建链特异性文库 1 小RNA属于非编码核糖核酸（ncRNA），在基因调控中...
RNA-seq 实验构建文库时,可以构建非链特异性文库和链特异性文库: 非链特异性文库:无法区分打碎的片段转录自正义链还是反义链。 链特异性文库:建库时保留了转录本的方向信息用以区分转录本来源,避免互补链干扰…
片段化RNA和构建链特异性文库很快成了大部分RNA-seq文库制备试剂盒的标配。这里我们简要描述了RNA-seq方法的其它改进,以便研究者可以根据特定的生物学问题或样本自身特征进行选择。这些改进包括不基于oligo-dT的RNA富集方法,特异性富集3ʹ或5ʹ末端转录本的方法,使用UMIs区分PCR duplicates的方法,以及针对降解的RNA...
在逆转录合成 cDNA 链的过程中,Watchmaker 是用一个定向进化得到的逆转酶,这个酶能够耐受抑制剂,模板转换活性高、合成效率高。 并且这个过程是链特异性反应。 接下来 Watchmaker 把合成 cDNA 的第二链,和在 DNA 片段的末端加 A 碱基。 把这两个步骤做成连续进行的,中间没有纯化的过程。这会比部分的竞品试剂盒...
因此,Small RNA样本通常采用RNA ligation的方法在RNA的3’和5’端分别连接接头来构建链特异性文库。 02 对于mRNA/LncRNA/CircRNA等通常大于200 nt,可以使用随机或Oligo dT引物合成cDNA第一链。在合成cDNA第二条链的时候加入dUTP,dUTP的链可以被酶消化或扩增的时候用不识别dUTP的聚合酶。 03 对于一些难扩培的细胞或...
第二个read 的序列信息就是 ATGATC 所以将这两个reads比对到参考基因组 第一个read是反向匹配 reverse 第二个reads是正向匹配 forward 所以链特异性的文库类型是 rf 各个软件的参数设置 可以参考 https://rnabio.org/module-09-appendix/0009/12/01/StrandSettings/...
短链非编码RNAs(如miRNA)既无法用oligo-dT方法富集,WTA测序中也很难覆盖,因此对其研究需要特定的分离建库方法,一般是切胶或磁珠分选后直接连接接头 (sequential RNA ligation,通常构建出来都是链特异性文库) (生信宝典注:这一点尤其要注意)。 WTA生成的RNA-seq数据包含编码和一些非编码RNA。WTA方法也适用于Poly-A...
对于微量RNA链特异性转录组文库构建,通常使用SMART技术,通过随机或oligo dT引物(带一段接头序列),合成cDNA第一链,并在3'端加上三个C,进一步使用TSO ( template-switching oligo )引物通过链置换添加另一端接头序列,保留了RNA的链来源信息。 各种链特异性文库测序结果对比 ...
链特异性建库 正链/负链: 对于一个基因来说,DNA的两条链中有一条链作为RNA合成时的模板,这条链叫负链(模板链/反义链),另一条叫正链(非模板链/正义链)。 反义链/正义链:在双链DNA中,用来转录mRNA的DNA链称为模板链,不用于转录的链则称为非模板链。根据碱基互补配对原则,转录出的mRNA链的碱基序列与非...
组织特异性基因(Tissue-specific Genes)是指在不同类型的细胞中特异性表达的基因,其调节细胞特异的形态结构或生理功能。组织特异性基因的表达是理解生物学过程、生理环境和疾病产生的关键,对TissGenes的研究将有助于深入了解致病机制和特异性治疗靶点,同时可以促进对临床相关的突变基因的发现。 关于TissGDB Tissue-specific...