tblastn:核酸序列库翻译成蛋白质序列库,再与蛋白质序列比对 tblastx:核酸与核酸序列库都翻译为蛋白质序列,再在蛋白质水平上比对 makeblastdb:建立自定义的比对序列库 使用方法 安装路径\bin\blastn -query 比对序列文件名.fasta -db database -out 比对结果文件名 -evalue le-5 -outfmt 0(或其他比对结果参数) ...
RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有参考基因组的比对，据同事介绍，比对这一步，比对率再80%以上才算是正常的，很多样本的比对结果都能达到90%以上。然而，然而，然而，对于第一次跑流程的我，第一个项目，居然不到50% ！！！QC 统计， 均在90%以上，说明测序数据质量尚可 遇到问题：Aligmen...
这些长序列经过计算拆分成为单个cDNA子读长 (subreads),并比对在一起互相校正获得一致性序列。插入的cDNA分子测序到的次数越多,校正后错误率越低;研究表明CCS可以将错误率降低到与短读长相当甚至更低的水平。但是,把平台的测序能力用于读取相同的分子更加加剧了其测序通量低的问题,更少的独立转录本会被测到。 长...
RNA-seq即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。转录组测序技术（RNA-seq）作为目前二代测序领域最普遍的技术手段而获得广泛应用，应运而生的多种方法各有特点、争奇斗艳。传统方法通常需要富集mRAN，片段化mRNA，反转录和加接头...
也就是比对，将检测到的RNA碱基序列，比对到参考基因组上，看某段RNA位于参考基因组的哪段序列上。这一步就好像一个拼好的拼图，上面有高高低低的小块，有些分子表达量高，它对应那个小块就高，反之就低。通过这一步，实验组和对照组都得到一个高高低低的拼图。4、把实验组和对照组的拼图比较一...
这些长序列经过计算拆分成为单个cDNA子读长 (subreads),并比对在一起互相校正获得一致性序列。插入的cDNA分子测序到的次数越多,校正后错误率越低;研究表明CCS可以将错误率降低到与短读长相当甚至更低的水平。但是,把平台的测序能力用于读取相同的分子更加加剧了其测序通量低的问题,更少的独立转录本会被测到。
三代测序技术产生的读段更长,测序成本更低,其取代二代技术是测序技术发展的必然趋势。然而由于三代测序技术错误率高,现有的组装软件多是对第二代测序数据组装软件的“修补”而并没有充分考虑到三代测序技术的数据特征。事实上,基因组装算法问题被广泛认为是计算生物学和生物信息学领域最复杂的计算难题之一,也是目前阻...
收集并整理出目前已经具有明确的靶向或化疗药物作用位点的基因突变及基因数据库;建立基于RNA‑seq的基因突变注释数据库;收集整理出用于RNA‑seq突变检测的质量控制、基因序列比对、基因突变检测算法;建立一套完整的从原始RNA‑seq测序数据到最后突变检测结果的分析流程;还公开了基于RNA‑seq数据的肿瘤基因突变检测...
4.GC含量分布：检查GC含量的分布，以判断潜在的偏见或污染。5.重复序列分析：评估重复读段的比例，高重复率可能意味着PCR偏见。6.去除低质量读段：基于设定的质量阈值去除低质量的读段。7.后续步骤：完成质量控制后，通常会进行比对、定量和差异表达分析等后续步骤。
过滤低质量序列 hisat2 比对 建立索引 常用参数 进行比对 samtools 排序压缩 常用命令 排序压缩 featureCounts 生成基因计数表 常用参数 计数统计 参考 RNA-seq 概述 RNA-seq 是研究转录组应用最广泛,也是最重要的技术之一,RNA-seq 分析内容包括序列比对、转录本拼接、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA...