首先我们来看一下这篇文章讲述了什么。 《在分析人类群体样本时,热门的差异表达方法夸大了假阳性》 作者在使用大量人类RNA-seq样本在两个条件之间寻找差异表达基因时,通过置换(permutation)分析发现热门的生信软件DESeq2和edgeR的假阳性率高得出乎意料。此外作者还测试了limma-voom、NOISeq、dearseq和Wilcoxon秩和检验,...
牛膝是治疗骨质疏松症的著名中药。多糖是形成肠道微生物群的主要因素,是双棱草的主要成分。然而,双歧杆菌多糖对人体肠道菌群的生物活性尚不清楚。本文从苦参中提取并纯化了平均分子量为93.085 kDa的果胶多糖A23-1。A23-1由鼠李糖、葡萄糖醛酸、半乳糖醛酸、葡萄糖、半乳糖和阿拉伯糖组成。GC-MS、部分酸水解和NMR结...
导语 牛膝是治疗骨质疏松症的著名中药。多糖是形成肠道微生物群的主要因素,是双棱草的主要成分。然而,双歧杆菌多糖对人体肠道菌群的生物活性尚不清楚。本文从苦参中提取并纯化了平均分子量为93.085 kDa的果胶多糖A23-1。A23-1由鼠李糖、葡萄糖醛酸、半乳糖醛酸、葡萄糖、半乳糖和阿拉伯糖组成。GC-MS、部分酸水解和...
文章一 第一篇文章是2015年发表在BMC Genomics上的文章,作者对RNA-Seq数据进行了常规的分析,包括对样本测序深度、测序数据质量统计,比对reads在鸡参考基因组上的分布情况,幼鸡和产蛋鸡表达量最多的前十种基因,可变剪接情况,以及GO和KEGG富集情况统计及分析。最终通过RNA-Seq分析,探讨了幼年和产蛋鸡肝脏表达谱的差异...
在视黄醇代谢中,代谢底物视黄醇(维生素A,Retinol,Rol),经历两步脱氢反应以产生活性代谢产物atRA,然后主要结合并激活RARs(配体诱导的转录因子),以发挥生物效应。视黄醇脱氢酶10(Retinol Dehydrogenase 10,RDH10)是视黄醇代谢中的限速酶,在Rol转化为atRA中发挥重要作用。
这是17年7月5日published online的文章,总结了关于RNA-seq分析的众多工具,其中早先的tophat2+cufflinks和新出的hisat2+stringtie的比较是一个侧重点,就目前RNA-seq分析来看,许多公司和实验室已经采用了hisat2+stringtie流程来分析各自的数据,结果较好,而且节约了很多分析时间。
一篇文章详解：RNA-seq 数据分析加速 RNAseq，即通过高通量测序技术进行转录组测序分析技术，作为研究RNA的表达水平以及表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。而今，RNAseq在转录本变异检测，基因融合检测，可变剪切检测等场景均有大规模的应用。转录本变异检测，是指通过比较样本RNA序列和参考基因组对应序列，...
文章一 生物学问题 ——发现植物防御反应中的关键基因和调控元件 铜离子促进拟南芥乙烯合成,进而引起植物防御反应,RNA-Seq及后期功能验证阐明关键基因和调控元件在铜离子刺激下能够促进合成乙烯中的分子机制。 文章题目:拟南芥AtACS8基因在铜离子激活下,在乙烯早期生物合成中起关键作用 ...
文章:用单细胞RNA-Seq的测序技术研究了肺部表皮发育相关的内容 肺癌的分类 小细胞肺癌 非小细胞肺癌 其中非小细胞肺癌绝大部分是由环境因素和一些突变mutation造成的;小细胞肺癌大部分是由于自身的遗传因素造成的,包括吸烟导致的肺癌都是非小细胞肺癌。目前重点研究领域在非小细胞肺癌。