6. 可变剪切分析 可变剪接(Alternative Splicing) 是指转录形成的前体RNA通过去除内含子、连接外显子而形成成熟RNA的过程,从而实现一个基因同时编码多种蛋白质,实现生物功能多样性 在不同组织或者发育的不同阶段,可变剪接不是一成不变的,在特定的组织或条件下,通过连接不同的外显子,会产生特定的剪接异构体(isoform...
可变剪切种类主要可以分为以下五类: 可变剪切分析软件 RNA-seq可变剪切一般分析过程: 比对软件:hisat2、 star、 tophat AS识别软件:依赖已有的gtf文件,Asprofile、rmats、cash,不依赖的有leafcutter AS差异分析:定量再进行差异表达分析 推荐软件:cash/rMATS CASH 可变剪切分析 下载路径:https://sourceforge.net/projec...
可变剪切,即alternative splicing, 指的是在mRNA前体到成熟mRNA的过程当中,不同的剪切方式使得同一个基因可以产生多个不同的转录本, 最终产生不同的蛋白质。由于结构决定功能,而序列决定结构,可变剪切可能会对蛋白质功能产生巨大影响。许多文献也表明,可变剪切在发育、肿瘤发生等过程中发挥重要作用。 目前已经有非常多可...
从bulk RNA-seq角度来看,用差异可变剪切来衡量是否有转录本的差异似乎有些鸡肋!目前,已经有不少软件可用于转录本表达定量,如kallisto、salmon等,如果单纯的想从转录本水平的丰度看是否有差异,使用这些软件定量后,再做个差异分析,这岂不是更直接了当,还需要可变剪切这样较隐晦的方式么? 毕竟,大部分...
我学到的是这款软件摆脱了pre-mRNA可变剪接分析需要提前导入模型这个束缚,通过自己的比对规则能够分析出更多可变剪接序列,并且耗时更短,占用的计算资源也更小。 文献摘要翻译: mRNA形成的过程中pre-mRNA中内含子的剪切是必不可少的步骤。我们开发了LeafCutter来研究样品和种群变异中的内含子剪切。LeafCutter从短读长的...
转录组测序(RNA-seq)就是利用高通量测序技术将细胞或组织中全部或部分mRNA、small RNA和no-codingRNA进行测序分析的技术。RNA-seq既可以提供定量分析,检测基因表达水平差异,又可以提供结构分析,能发现稀有转录本,精确地识别可变剪切位点、基因融合等,而且不依赖于参考基因组。
可变剪切的RNA-Seq分析最大的局限在于非常依赖测序深度; 作者在这里提出DARTS, 通过整合先验的RNA-Seq证据以及深度学习预测结果来推断不同生物学样本中的差异可变剪切; DARTS利用公共数据库中的大量的RNA-Seq数据通过深度学习提供可变剪切调节的knowledge base, 因此可以用来...
一个基因可以表达出多个转录本;对于基因的表达水平分析实际上是综合一个基因的多个转录本定量的结果。因为可变剪切的缘故,一个基因可能有多个转录本。如果是我们基迪奥的客户,可以在Omicsmart在线报告的可变剪切分析模块中对特定基因在多个样本中的可变剪切结果进行可视化分析。
2、可变剪切分析 基于单分子实时测序技术(SMRT)的三代全长转录组,具有读长超长的优势,可以直接获取 mRNA 全长,因此可轻松判断 TSS 和 TTS 的位置、剪接位点的位置,轻松获取各个 spliced isoforms 的全长序列,在可变剪切研究方面具有独特的优势。 可变剪切类型 ...