简单单小区RNAseq数据聚类(sscClust)是一个实现简单使用聚类管道的包。单细胞RNAseq数据聚类通常由变量基因选择、降维、降维数据聚类等组成。目前,该包还封装了针对单细胞RNAseq数据设计的其他聚类方法,包括SC3、ZinbWave等。 Simpler single cell RNAseq data clustering...
多发性骨髓瘤 (MM) 的发展被认为涉及多步转化过程,但细胞遗传学异常和分子改变在决定多发性骨髓瘤 (MM) 细胞命运中的作用尚不清楚。在这里,我们分析了单细胞RNA-seq数据和大量基因谱,以揭示与MM发育相关的新特征。 利用GSE118900的scRNA-seq数据分析MM患者不同阶段的细胞转录组。使用 Monocle 包对单个细胞进行假...
此外,还有57个黑色素瘤样本的bulk RNA测序数据(TMCH-57)、免疫荧光染色、细胞水平的药物治疗实验。 03研究结果 1.基于scRNA-seq构建黑色素瘤单细胞图谱 首先基于发现集数据(5例肢端和3例皮肤肿瘤样本)进行细胞聚类分群,再基于marker基因进行细胞群鉴定,确定了免疫细胞(T细胞,B细胞,自然杀伤细胞,单核细胞,巨噬细胞...
所述第四步的单个细胞层面的质量控制包括:1)根据细胞条形码信息把测序片段进行分组到不同的细胞形码中;2)利用umi和每个测序片段的基因组上位置的共同信息,以单个的细胞作为研究对象,计算每个细胞的独特测序片段数目、测序片段的重复率以及覆盖的基因数目。 所述第六步的质量控制报告包含权利要求1所涉及的所有内容。 ...
1. 雌性生殖细胞在不同发育阶段的转录谱分析 研究者分别对PGC,FGSCs,GV和MII卵母细胞进行了5-8个细胞的RNA-seq,以检测不同阶段雌性生殖细胞中基因的表达情况,最终在37,980个已知小鼠基因中检测到平均17,805(47%)个基因的表达。特别是在FGSCs中,基因表达比例达到49%。为了探究这些基因表达谱是否与发育阶段相关...
(57)摘要本发明公开了一种大批量单细胞RNA‑seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤:第一步、原始测序文件的FASTQ格式或者比对完的SAM/BAM格式作为输入文件,运行相关命令;第二步、测序片段水平的质量控制;第三步、多细胞水平的质量控制;第四步、单个细胞层面的质量控制;第五步、细胞聚类和细胞特异峰...
金域血液肿瘤RNA-seq重磅升级 今年年初,13岁的小超(化名)到医院进行骨科手术,医生为他检查血常规时意外发现,其白细胞、血红蛋白、血小板等含量都远远低于正常水平。小超父母遂将其转至上级医院治疗。 入院后,临床医生根据其血常规结果,考虑为血液系统疾病并立刻完...网页链接...
我们可以使用一种称为 RNA 测序 (RNA-seq) 的技术来确定哪些基因被打开,以及它们被打开的程度,该技术可以识别构成 RNA 分子的碱基序列。 RNA 测序帮助我们了解哪些基因导致了不同细胞或组织之间有趣的差异。 例如,红细胞是在骨髓中产生的,所以我们找到血红蛋白在骨髓细胞中的RNA。 相反,皮肤细胞不需要产生血红蛋白...
■肾脏炎症在IgA肾病(IgAN)的发病机制中起着至关重要的作用,然而,与疾病进展有关的免疫细胞的具体表型仍未完全了解。通过纵向单细胞RNA测序(scRNAseq)和单细胞测定进行转座酶可接近的染色质测序(scATACseq)的联合分析可以提供一个全面的框架,用于阐明细胞亚群多样性的发展以及染色质可接近性如何调节转录。■我们旨在在...
层次分析matlab代码scHinter:对样本量有限的单细胞RNA-seq数据进行插补事件 2019-03-26 概述 scHinter是一个Matlab软件包,用于估算scRNA-seq的缺失事件,特别强调样本量有限的数据。 scHinter由三个模块(图1)组成,包含一个基于投票的共识距离,并利用合成少数群体的过采样技术进行随机插值。 scHinter中还嵌入了一个...