RNA-Seq差异基因筛选标准通常包括以下几个方面: 1.显著性水平:根据设定的显著性水平(例如p值或False Discovery Rate),筛选出显著差异的基因。 2.折叠变化:通过设定折叠变化阈值,筛选出表达量变化较大的基因。 3. TPM/FPKM值:根据基因在不同条件下的TPM/FPKM值的差异,筛选出表达量差异较大的基因。 4.基因注释:...
简介:RNA-seq数据分析二:DESeq2 筛选差异基因 首先DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭,具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126,我认为最关键的问题是要用BioManager来安装,就像conda装软件也要写一个conda install -c bioconda X...
另外,以前曾经处理过不计其数的芯片,挑选差异表达基因,筛选关键基因,功能富集,还有基于全部数据的WGCNA(当然你也可以用差异基因来做,虽然不推荐,看不少文章也这么发),GSEA,PPI等等,这些后续我会慢慢发出来。 但是,因为以前处理的芯片表达谱数据是符合正态分布,所以可以用t检验来筛选差异表达基因,但RNA-seq的read c...
useMart("ensembl"))#用useMart函数选定数据库,用useDataset()函数选定数据库中的基因组.#这条语句的意思是:选定ensembl数据库中的hsapiens_gene_ensembl基因组>my_ensembl_gene_id<-row.names(diff_gene_deseq2)>hg_symbols<-getBM(attributes=c('ensembl_gene_...
RNA-seq肉品风味静原鸡基因注释利用转录组筛选宁夏地方品种静原鸡肉品风味的相关差异基因,了解差异基因对肉品风味转录调控的影响.采集15只静原鸡胸肌和腿肌,利用RNA-seq技术,通过GO,KEGG富集和蛋白网络互作等生物信息学分析筛选调控肉品风味相关的差异表达基因.结果表明:静原鸡胸肌,腿肌中显著差异表达基因总数为2 098个,...
中外猪种在繁殖性状方面存在显著差异,随着后基因组时代的来到,应用最广泛的技术之一是转录组学。该技术已经应用于水稻、海鲈鱼、小鼠等的RNA测序。并有研究者利用该项测序技术筛选出了不同猪种间的差异表达基因,并进行了相应的分析。利用...
【目的】通过RNA-Seq技术筛选不同颜色山羊嘴唇色素代谢相关的候选基因,初步揭示山羊嘴唇黏膜颜色差异形成的分子机理,为动物黏膜色素代谢研究提供理论依据.【方法】以嘴唇等面部可视黏膜颜色存在差异的酉州乌羊(乌黑色)和板角山羊(粉色)为研究对象,采用Illumina Hiseq 2000测序平台对嘴唇黏膜组织进行转录组...
【摘要】[目的]筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因.[方法]采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析.[结果]测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和...
为筛选禽致病性大肠杆菌(APEC)感染雏鸡后其小肠损伤的差异表达基因,本研究利用APEC菌株经腿部肌肉途径接种两周龄雏鸡,对照组鸡以相同的途径注射相同体积的生理盐水,选取病变严重的肠道与对照组肠道,利用高通量RNA-Seq技术筛选出雏鸡小肠受APEC损伤后的差异表达基因,对其进行生物信息学GO功能分类和KEGG信号通路分...
写在前面——经过前面的一系列分析,我们得到了几个counts数据,接下来就需要根据这些数据来进行分析。本文使用Rstudio,从序列比对结果中筛选出差异基因,目的是(根据不同基因的表达量)找出实验组与对照组的差异。本文使用的数据见。