用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵;样品的重命名和分组;初步过滤低表达基因与保存counts数据 承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt、t2s_vm25_gencode.txt)。 一般为了对...
DESeqDataSetFromMatrix(countData=count_tab,+colData=sample_Data,+design=~condition)converting counts to integer mode>dds<-DESeq(dds)estimating size factors estimating dispersions gene-wise dispersion estimates mean-dispersion relationship--note:fitType='parametric',but the dispersion trend was not well ...
### 对counts进行处理筛选得到表达矩阵 ###a1 <- fread('./counts/counts.txt',header = T,data.table = F)#载入counts,第一列设置为列名colnames(a1)counts <- a1[,7:ncol(a1)] #截取样本基因表达量的counts部分作为countsrownames(counts) <- a1$Geneid #将基因名作为行名#更改样品名colnames(counts...
从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵: 读取counts.txt构建counts矩阵;样品的重命名和分组;counts与TPM转换;基因ID转换;初步过滤低表达基因与保存counts数据 从salmon输出文件中获取counts与TPM矩阵: 用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵;样品的重命名和分组;初步过滤低表达基因与保存counts数据 承接上节RN...
从salmon输出文件中获取counts与TPM矩阵: 用tximport包读取quant.sf构建counts与TPM矩阵;样品的重命名和分组;初步过滤低表达基因与保存counts数据 承接上节RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2与Salmon之前已经得到了featureCounts与Salmon输出文件(counts、salmon)和基因ID转化文件(g2s_vm25_gencode.txt...