RPKM/FPKM与RPM的区别:考虑了基因长度对read读数的影响。 RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM Transcript per millionTPM值就是RPKM的百分比 在有FPKM的情...
基于单细胞RNA-seq数据注释细胞类型是研究疾病进展和肿瘤微环境的先决条件。现有的注释方法通常缺乏marker基因列表,对批次效应的处理不当以及难以利用潜在的基因 - 基因相互作用信息,从而缺乏泛化性和稳健性。本研究开发了一个基于预训练的深度神经网络模型,即基于transformers的双向编码表示(scBERT),以克服现有的挑战。遵...
未标记的 scRNA-seq 数据的全基因组表达中学习与领域无关的基因表达模式和相互作用;通过微调将一般知识转移到细胞类型注释任务中;并追溯每个单独基因对模型可解释性的重要性。
今天给大家讲一篇2022年8月腾讯在nature machine intelligence上发表的药物-靶标相互作用的一篇文章,作者提出了一种用于单细胞RNA-seq数据的细胞类型注释的大规模预训练语言模型scBERT。该模型通过BERT的预训练和有监督的微调方法,首先scBERT通过对大量未标记的scRNA-seq数据进行预训练,获得了基因-基因相互作用的信息;然...
晶能特别定制疫情期间自我提升指南之“单细胞RNA-seq数据分析系列专题课”今天下午14点准时开播,由晶能生物生信分析工程师张腾娇带来《单细胞RNA-seq数据分析2——细胞类型预测》。 课程简介 本期主题是单细胞RNA-seq数据的细胞类型预测。课程内容包括类...
根据测试结果,研究人员可以确定参与功能失调通路的细胞类型。结合 ssGSEA 和 TAPE 可以帮助使用大量 RNA-seq 数据识别特定细胞类型中的特定功能障碍途径,这将基本上利用以前的群体转录组数据集。 总之,TAPE 代表了一个广泛适用的框架,用于在细胞类型水平上破译组织的异质性,并为有监督的自动编码器执行域适应提供了一...
在单细胞RNA-seq数据的基础上对细胞类型进行标注是研究疾病进展和肿瘤微环境的先决条件。这里作者表明,现有的方法通常缺乏策划的标记基因列表,对批量效应处理不当,难以利用潜在的基因-基因互动信息,损害了它们的通用性和稳健性。作者开发了一个基于深度神经网络的预训练模型,即来自transformers的单细胞双向编码器表示法(sc...
多项选择题 下列()属于GEO数据类型。 A、ChIP-seq B、SNP array C、SAGE D、RNA-seq 点击查看答案
下列()属于GEO数据类型。 A、ChIP-seq B、SNP array C、SAGE D、RNA-seq 点击查看答案 你可能感兴趣的试题 点击查看答案 单项选择题 如图,此电路的输入端I0_L是低电平有效,输出A2A1A0是高电平有效,AVALID高电平有效,当AVALID有效表示的是? A.有有效的输入,I7_L到I0_L不全部为1 ...