RNA-Seq原始数据质量控制(QC)是非常重要的一个环节,由于各种原因,例如测序平台、实验操作等,原始测序数据可能存在不少问题,如低质量读段、接头序列、污染序列等。为了确保后续分析的准确性,需要先进行质量控制。 一、常用工具: 常用的质量控制工具有FastQC、MultiQC等,这些工具能提供测序数据的基本统计信息和质量报告。
在RNA-seq数据分析中,第一步就是评价所获得的数据能不能用,这一步就叫做质量控制(Quality Control, QC)。 本文主要介绍最常见的质控工具FastQC以及其输出结果的解读。软件安装推荐用conda,在Linux里命令如下 conda install fastqc FastQC使用 fastqc --help# 查看帮助文档# 基本用法fastqc[-o output dir][--(no)...
下面小编主要介绍了原始数据(FASTQ 文件)的质量控制。 1 FastQC FastQC是一款基于Java的程序,即可用命令运行,也支持界面操作。并且被整合到高通量数据分析平台——Galaxy和Chipster。FastQC运行速度较快,上千万条Read仅需几分钟就可完成分析,输入的文件即可是fastq格式(或其压缩格式)、也可是SAM或BAM格式。FastQC软件...
一般测序在初步生成fastq文件时候,adapter会被去除,但是有的会没有去除或者遗漏部分adapter。所以这一步是检测RNA-seq测序过程中adapter是否去除。如果没有去除会严重影响后续的比对工作。没有去除的adapter在质量处理环节会被处理掉。 Adapter Content multiqc质量报告 multiqc可以对几个fastqc报告文件进行总结并汇总到一个...
5.1.2 Tung数据集 为了说明细胞质控,我们使用芝加哥大学Yoav Gilad实验室的三个不同个体产生的诱导多能干细胞数据集(Tung等,2017)。实验在Fluidigm C1平台上进行,为了便于定量,使用UMI和外源RNA对照(ERCC)。由于基于液滴的方法使用的快速增长,ERCC不再被广泛使用;但是它们可以作为低通量方法的参照。数据文件位于工作...
可对fastq数据进行质量控制的软件有很多,今天我们先学习cutadapt。 安装 ## cutadapt是一款基于python的软件#使用pip安装$ pip install--user--upgrade cutadapt#使用conda安装$ conda install-c bioconda cutadapt 官方帮助文档 cutadapt-h cutadapt version3.4Copyright(C)2010-2021MarcelMartin<marcel.martin@scilifelab...
代码语言:javascript 复制 conda install-c bioconda multiqc multiqc./*zip -o ./ 3.2、查看html报告 可以看到基本所有的数据都有明显的GC双峰。此外,虽然对于RNA-seq来说,重复序列不可避免,但是高达80%的重复片段肯定也是有问题的,需要我们进一步对数据进行校正。
大批量单细胞rna-seq数据质量控制和分析方法,其特征在于,包括以下步骤: 第一步、原始测序文件的fastq格式或者比对完的sam/bam格式作为输入文件,运行相关命令; 第二步、测序片段水平的质量控制; 第三步、多细胞水平的质量控制; 第四步、单个细胞层面的质量控制; ...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
RNA-Seq原始数据质量控制(QC)是非常重要的一个环节，由于各种原因，例如测序平台、实验操作等，原始测序数据可能存在不少问题，如低质量读段、接头序列、污染序列等。为了确保后续分析的准确性，需要先进行质量控制。一、常用工具：常用的质量控制工具有FastQC、MultiQC等，这些工具能提供测序数据的基本统计...