拿到RNAseq、蛋白组等表达谱数据,找关注的通路。但常看到某些想要的通路没有富集到。那么是什么情况呢。可以将KEGG数据库对应的通路所有基因,提取出来,表达差异值提取出来。这样,通路上的基因是不是有差异,就很明显了。, 视频播放量 41、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚
Trimmomatic,无论转换得到,或者是公司测序后返还的 Fastq.gz 数据往往是原始数据,通过 FastQC 可以判断,随后进行质量控制,如去除接头和低质量碱基,于是有插件,详细见:Trimmomatic | 点点点,测序原始数据质控,技能√gethttps://mp.weixin.qq.com/s/Gmazcogi2KBNkv7J4hXh9Q Kallisto,RNAseq 数据的基本分析和目的,就...
LCM最初是与全转录组基因芯片结合,然后是RNA-seq,直到现在,需要的细胞数也是数百上千。结合scRNA-seq和LCM的LCM-seq,通过直接裂解分离的细胞,消除通常是在LCM之后的RNA隔离步骤,可以简化流程,降低技术噪音,减少费用。同时每个细胞的空间信息都保留了下来并且不需要组织分离步骤,从而能够在单细胞水平同时研究细胞异质...
RNAseq数据数据库,根据佳学基因的基因信息数据库构建标准这是一类大量存储RNA测序数据的资料库,英语常被称为Sequence Read Archive, 大量机构将其翻译为序列读取档案库。但是作为一家根植于中国市场的基因信息科技机构,佳学基因采用RNAseq测序数据库。从RNASeq数据库(SRA)中,获取人类组织的序列,以及用来验证、增强证据...
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在NCBI中找到Project:GSE104075,我们进入其Send results to Run selector数据里看一下,发现其一共有26个数据,包含了18个ATAC-seq数据和8个RNA-seq数据。详细信息可以点击RunInfo Table下载。 Run table 同样找到GSE80293, 其有9个Chip-seq的实验数据,具体内容还要参见Red Blood Cell Invasion by the Malaria Parasit...