近些年来各种组学真的很热,学习生物信息学的人也越来越多,网上很多教程其实都是抄来抄去的,很多做数据的人想都不想一下就开始做数据,大家手底下的数据也是奇奇怪怪的什么都有,很多数据连个质控都不做就上传发表,实在是污染数据库了,下面请和我来一起过一遍RNA-seq质控的流程,追求卓越的样品质量。 对于普通转录...
《基于高通量RNA-seq数据转录组拼接的关键技术与算法研究》是依托山东大学，由李国君担任项目负责人的重点项目。中文摘要 研究表明癌症等复杂疾病与转录过程中的可变剪接密切相关，因此认知转录产物的种类、特异性及表达量对于癌症机理研究及临床诊断具有重要意义。高通量的RNA-seq测序技术为揭示和研究真核生物转录组...
《高通量RNA-Seq数据的偏差建模和差异表达基因识别》是依托厦门大学，由王颖担任项目负责人的青年科学基金项目。项目摘要 本项目对高通量RNA-Seq数据的偏差建模和差异表达基因识别展开研究。本项目将碱基视为信息处理的基本单位，而外显子、基因等都可视为碱基单元的某种积分。分析偏差时，将可能的偏差因素作为解释变量，...
《RNA-seq 数据分析实用方法》是科学出版社出版的图书，作者是[芬]E.科佩莱恩，[芬]J.图梅拉，[芬]P.萨默沃，[瑞典]M.赫斯，[芬]G.旺 内容简介 本书全面介绍了RNA-seq数据分析的基本原理和方法，内容涵盖数据分析的整个工作流程，包括质量控制、作图、组装、统计检验和代谢途径分析等。书中在进行理论讲解的...
用FPKM数据或者RPKM数据。
《仅基于RNA-Seq数据拼装可变剪接转录组的计算方法研究》是依托山东大学，由李国君担任项目负责人的面上项目。中文摘要 可变剪接是指从一个前体mRNA中通过不同的剪接方式产生不同的成熟mRNA的过程。可变剪接是调控基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制。在人类基因组中，大约95% 的多外显子基因中存在可变剪接。基...
RNAseqQC:一个用于RNA-seq数据质控评估的R包 RNAseqQC通过一个提供一系列数据可视化功能来帮助RNAseq数据质量控制的R包,它允许识别具有不需要的生物或技术影响的样品,并探索差异测试结果。 源码:https://github.com/frederikziebell/RNAseqQC 安装指南 安装过程简单明了,只需在R环境中执行以下命令:...
你准备一个分组文件，像课程一样做成两列，第一列为样本，第二列为分组，其他不相干的样本删除；
为什么RNA-Seq并不能代替WES完成外显子的变异检测?为什么二代测序的原始数据中会有duplicates,而且还有四类,它们分别是什么? RNA-Seq能替代WES完成外显子的变异检测吗? |《达尔文星球》精华第2期48 赞同 · 2 评论 文章 发布于 2018-05-27 11:32