FastQ 是大部分最原始scRNASeq的数据,所有的单细胞RNA-seq测序数据都是双端paired-end测序,barcode序列可能会出现在一个read或者两个reads内(依据使用protocol的不同),但是使用UMI的方法产生的数据,一个read会包含UMI/barcode/adapters但是由于测序长度原因会不包含转录本序列,所以这个方法后续的处理是以单端测序的形式...
jsonFile是下载的json文件的完整路径。 下面的函数是提取数据的函数。 getTCGA_RNAseq_data=function(filepath,jsonFileInfo,data_type){datamatrix=data.frame()for(wdinfilepath){#每一个循环读取一个文件 tempPath<-unlist(strsplit(wd,"/"))filename<-tempPath[length(unlist(strsplit(wd,"/")))]message...
3. TCGA RNA-seq数据的下载和整理临沐清风编辑于 2023年12月07日 01:14 这部分最后一直出error,显示有个文件permission denied。网上的解决方案上课让我调整名称或者用管理员运行,但都不行 分享至 投诉或建议评论 赞与转发0 0 2 0 0 回到旧版 顶部登录哔哩哔哩,高清视频免费看! 更多登录后权益等你解锁...
比如转录组,之前是HTSeq流程的数据,现在是STAR-Counts的数据。具体的数据信息参考: https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-320 下载后的数据,打开是这样的。都放在了一个文件中。 这里分享一下怎么提取数据。 数据的下载和之前的教程一样【14-TCGA数据库下载整理】。
【生信技术】测序数据差异表达分析|导入、加载、整理、分析,RNA-Seq数据的差异分析操作,跟着操作你就对了, 视频播放量 21769、弹幕量 3、点赞数 214、投硬币枚数 129、收藏人数 837、转发人数 70, 视频作者 解螺旋官方频道, 作者简介 医生科研成长平台,私信后台发送“训
原来TCGA数据库的下载,使用TCGAbiolinks包是否还可以处理数据,我还没有试,但下载数据应该是没有问题的。 当然,为了方便,我也将2个函数封装成了一个函数: getTCGA_RNAseq_data=function(dataPath,json,data_type){###从json文件获取信息 metadata_json<-rjson::fromJSON(file=json)json_info<-do.call(rbind,lap...