2.1 导入count数据和清洗数据 #seq数据无法用geoquery包,r直接联网去下载数据#你需要去手动下载supplement file里下载 并且记得看大小对不对得上dat=read.table(”你的count数据“,check.names=F,row.names=1,header=T)#表达矩阵过滤#需要过滤一下那些在很多样本里表达量都为0或者表达量很低的基因。过滤标准不唯一。
在该分析方法中,ImmuCellAI能够基于RNA-Seq或芯片的转录组数据,准确地估计18种T细胞和6种其他类型免疫细胞的比例,包括B细胞,NK细胞,单核细胞,巨噬细胞,中性粒细胞和树突状细胞;同时,该网站还能预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应性。当然,作者还对该方法和其他5种方法进行了比较。结果提示,在预测血液样品和多个...
能够分析人的免疫细胞。CIBERSORT使用注意事项:需要两个准备文件,芯片或者测序表达矩阵以及参考数据集。表达矩阵格式第一列是基因名,第一行是样品名,不能有重复基因名,第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值,不要对表达量取Log2。二、ImmuCellAI-mouse链接 这是一个 国人开发的工具 ,根据RNA-Seq或微阵列...