RNA-Seq差异基因筛选标准通常包括以下几个方面: 1.显著性水平:根据设定的显著性水平(例如p值或False Discovery Rate),筛选出显著差异的基因。 2.折叠变化:通过设定折叠变化阈值,筛选出表达量变化较大的基因。 3. TPM/FPKM值:根据基因在不同条件下的TPM/FPKM值的差异,筛选出表达量差异较大的基因。 4.基因注释:...
另外,以前曾经处理过不计其数的芯片,挑选差异表达基因,筛选关键基因,功能富集,还有基于全部数据的WGCNA(当然你也可以用差异基因来做,虽然不推荐,看不少文章也这么发),GSEA,PPI等等,这些后续我会慢慢发出来。 但是,因为以前处理的芯片表达谱数据是符合正态分布,所以可以用t检验来筛选差异表达基因,但RNA-seq的read c...
简介:RNA-seq数据分析二:DESeq2 筛选差异基因 首先DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭,具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126,我认为最关键的问题是要用BioManager来安装,就像conda装软件也要写一个conda install -c bioconda X...
useMart("ensembl"))#用useMart函数选定数据库,用useDataset()函数选定数据库中的基因组.#这条语句的意思是:选定ensembl数据库中的hsapiens_gene_ensembl基因组>my_ensembl_gene_id<-row.names(diff_gene_deseq2)>hg_symbols<-getBM(attributes=c('ensembl_gene_...
差异mRNA可能与不同浓度叶酸培养相关,其中上调的115条,下调的276条;随机对其中11条进行实时定量PCR验证,72.73%的结果与RNA-Seq一致;分析显示,差异mRNA相对应的基因与细胞周期等生理过程以及多种肿瘤的发生,发展密切相关.结论最终筛选出参与叶酸调控正常肝细胞恶性转化相关的基因,RNA-Seq技术能有效地用于差异基因地筛选....
中外猪种在繁殖性状方面存在显著差异,随着后基因组时代的来到,应用最广泛的技术之一是转录组学。该技术已经应用于水稻、海鲈鱼、小鼠等的RNA测序。并有研究者利用该项测序技术筛选出了不同猪种间的差异表达基因,并进行了相应的分析。利用...
基于RNA-seq 筛选NSUN2调控的A549 细胞差异表达基因 雷静静，冯 光，唐钺钺，路宏朝* * （陕西理工大学生物科学与工程学院，陕西汉中723000）收稿日期：2021-10-13 修回日期：2022-01-14 基金项目：陕西省教育厅科学研究计划项目（20JY006）*通信作者:路宏朝（1980—）,女,陕西勉县人，博士，教授，主要研究方向...
RNA-seq是比基因芯片更先进的技术，其优势这里不多说了。既然它更先进，那么肯定是首选的技术。目前普遍...
RNA-Seq)完成后，大家在筛选差异基因时，求助：FDR值是用的几？期待您的回复，本人QQ：1015336178 ...
PURPOSE: To investigate the perineural invasion(PNI) related genes, the level of gene expression in single culture group and co-culture group of salivary adenoid cystic carcinoma (SACC) was analyzed by RNA-Seq technique. METHODS: Two groups of salivary adenoid cystic...