利用featuresCounts软件,对reads进行精确的计数,最后将所有样本的reads数合并为一个文件,将RNA-Seq_Practice_countstable文件导出,根据FPKM和TPM的计算公式定量 每个基因在每个样本中的表达量。利用网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene)将基因ID转化为Gene description,从而了解其功能和相关信息。 time featureCounts...
8、reads比对:用hisat2软件,要明白各种软件的意义; hisat2 -p 4 --dta -x /public/home/zyhu/Mouse/reference/GRCm39 -1 /public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/02.trim/${i}_R1_001_paired.fastq.gz -2 /public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/02.trim/${i}_R2_001...
RNA-seq的原始数据(raw data)的质量评估 raw data的过滤和清除不可信数据(clean reads) reads回帖基因组和转录组(alignment) 计数(count ) 基因差异分析(Gene DE) 数据的下游分析(这次先不做这个,下次会单独写) 下面开始正式分析 1、fastqc质控 mkdir fastqc_result.raw #(建立输出文件夹) fastqc -q -t 3 -...
为了进行分析，首先创建工作文件夹，并建立多个子步骤目录以组织后续流程。例如：00_trainingRawdata 01_trimmomaticFiltering 02_hisat2Mapping 03_featurecountsQuatification 04_DESeq2DEGanalysis ### 测序数据质量评估 使用fastQC软件对测序数据进行质量分析，生成HTML格式的报告，以PR1样本为例。此报告详...
cp xxx/RNA-Seq_Practice/contrast.txt . cp xxx/RNA-Seq_Practice/sampleinfo.txt . 新建一个文件夹,运行R语言脚本,对样本进行表达定量分析,以PR1为例,输入文件为02文件夹中生成的bam文件和基因组注释文件,生成输出文件PR1,其他的几个样本按照同样的方法进行处理。