数字基因表达谱升级版RNA-Seq(Quantification)主要⽤于某物种的特定组织或细胞在特定⽣物过程中的基因表达定量研究。基于新⼀代⾼通量测序平台和华⼤⾃主研发的信息分析平 台，RNA-Seq(Quantification)可进⾏全基因组⽔平的基因表达差异研究，具有定量更准确、可重复性更⾼、检测范围更⼴、分析更可靠等...
行和列交叉的cell是每个基因在每个样品中的表达值或者其他值,例如质谱信号等,一般需要使用标准化后的值。对于fpkm,tpm等可以每个值加1,然后取log2;对于质谱等信号非常高的数据可以先取log10,再标准化。 注意:需要参考示例数据,将自己的数据在excel中整理成示例数据的样式,每个cell都需要有,表达值不能为空或者NA。
拿到RNAseq、蛋白组等表达谱数据,找关注的通路。但常看到某些想要的通路没有富集到。那么是什么情况呢。可以将KEGG数据库对应的通路所有基因,提取出来,表达差异值提取出来。这样,通路上的基因是不是有差异,就很明显了。, 视频播放量 41、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚
【对降解RNA进行表达谱测序的方法】RNA-seq是目前对表达谱进行分析最有效的方法。但是当RNA的质量较低,例如取自FFPE(石蜡固定标本)样本时,因为存在大量rRNA对实验结果的影响,需要创新的方法来进行建库测序。现把几种方法的原理进行图解说明,并比较各方法的优劣。详见: O网页链接 ...
GENEVESTIGATOR现在可以使用其用户友好的可视化工具对来自公共存储库的深度策划的单细胞RNA-Seq数据进行分析。其独特的高质量和深度整理的数据集合使研究人员能够了解发育和疾病的分子机制,并揭示正常和患病组织中的细胞异质性。概要中一致的处理、管理、聚类、细胞类型识别和研究协调使用户能够节省时间和资源,并专注于解决跨...
RNA-seq是比基因芯片更先进的技术，其优势这里不多说了。既然它更先进，那么肯定是首选的技术。目前普遍...
目的观察高糖状态下视网膜血管内皮细胞基因表达谱的RNA-Seq分析结果。方法体外培养视网膜血管内皮细胞,取对数生长期细胞用于实验。将细胞分为对照组、高糖组,两组细胞分别采用5、25 mmol/L的葡萄糖持续培养48 h。应用RNA-Seq技术对两组细胞进行全转录组测序,获得生物学大数据,并在此基础上分析差异表达基因;通过GO功能...
microRNA是一类大小为21-23nt的非编码小RNA分子,通过沉默或降解其靶点mRNA分子调控基因表达。大量研究表明,microRNA在正常发育过程以及疾病发生过程中具有重要的作用,在诊断和治疗领域具有光明的应用前景。然而目前研究microRNA的方法主要是通过实时定量PCR以及基因芯片技术,这些方法主要关注microRNA的表达与定量,并仅局限于...
Aksomics(原康成生物)tRF&tiRNA测序服务提供从样品到数据的全套解决方案。根据我们tRF&tiRNA测序和表达谱分析中得到的丰富信息,按照tRF&tiRNA:为什么以及如何研究它们?中提供的方法及应用,科研工作者们能够更便捷地推进他们在这个新兴领域的研究工作。 参考文献 ...
可以进行Pair-End双向测序,目前Pair-End文库插入片段大小范围可由200bp到10kb; 每张芯片有8个通道,每个通道可单测序一个样品,也可以把多个样品混合在一起测序; 服务内容 基因组测序 转录组测序 Small RNA 测序 数字化表达谱测序 DNA甲基化测序 ChIP-seq测序...