GO可以在GO:BP(生物过程),GO:MF(分子功能),GO:CC(细胞组分)三个方面分别进行注释,用的比较多的是GO:BP,但其他两方面也很重要。 外还有一个软件不得不提,那就是IPA(Ingenuity pathway analysis),这是一个收费软件,有基本版和高级版。我个人觉得它的upstream regulator analysis还是很不错的。分子激活功能等也...
2024年5月12日,深圳市基因调控与系统生物学重点实验室Md. Alamin、浙江大学生物信息学研究所Haiming Xu等人在Briefings in Bioinformatics(IF-9.5)上发表研究成果:Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain de, 视频
此外,研究人员还证明,TEQUILA-seq可以在定量目标RNA分子的同时大大提高检测能力。 共同通讯作者、费城儿童医院计算与基因组医学中心主任Yi Xing博士表示:“TEQUILA-seq使用便宜的试剂和简单的实验流程,就能够对许多生物样品中的全长RNA分子进行深度测序。这非常令人兴奋,它让广泛的医学应用成为可能,从RNA引导的基因诊断到...
bulk RNA-seq | 下游分析 | 差异分析 DESeq2-补1-统计结果缺失值 一方面,大家不是计算机,确实很难记住所有基因的功能,另一方面生物功能的执行往往涉及多个基因或蛋白的相互作用,直接注释会发现大量功能交叠现象,导致分析结果冗余,不利于进一步的精细分析。这时最常听到的语句就是——你去做一下富集(enrichment)分析。
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。
与单核 RNA-seq 类似,HiRES RNA 读数富集了新生转录本,与成熟 mRNA 相比,它可以更好地代表转录活性。然后,我们将等位基因解析的基因表达映射到同一细胞的重建 3D 基因组结构上,并计算单个细胞的变化-活性转录位点和沉默转录位点之间的细胞染色质 A/B 区室。我们发现转录基因通常位于更活跃的染色质环境中,这与之前...
在功能上,近年的研究表明,circRNA分子富含microRNA(miRNA)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵( miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平;这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。通过与疾病关联的miRNA相互作用, circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。而最新的研究发现,还存在...
进行RNA测序后,就可以使用生物信息学工具或方法在全基因组范围内鉴定circRNA。目前基于RNA-seq测序数据鉴定circRNA的方法主要是通过检测是否有read能匹配到back-splicing junction (BSJ) site,即circRNA的首和尾连接处的序列(具体如下图A中的右图所示)。