RNA-Seq前处理:mRNA富集还是rRNA去除 在过去的十年中,RNA测序(RNA-seq)成为差异基因表达、mRNA差异剪接等研究场景不可或缺的重要手段。随着高通量测序技术的不断发展,RNA-seq的研究技术、分析方法也在不断发展。现在RNA-seq用于研究RNA相关的各方面生物学问题,包括单细胞基因表达、RNA翻译、RNA结构、空间转录学、全...
它可用于从特征较少的物种中获取转录组信息,这些物种无法使用使特定探针进行靶向去除高丰度转录本的方法,以及不具有 poly(A) 尾而无法通过 poly(A) 选择富集 mRNA 的物种(3) . 因此,一些 RNA-Seq 试剂盒及常用的去除方法在其工作流程中会使用 DSN 处理。 这种方法的主要缺点是去除是非特异性的,并且针对任何高...
它可用于从特征较少的物种中获取转录组信息,这些物种无法使用使特定探针进行靶向去除高丰度转录本的方法,以及不具有 poly(A) 尾而无法通过 poly(A) 选择富集 mRNA 的物种(3) . 因此,一些 RNA-Seq 试剂盒及常用的去除方法在其工作流程中会使用 DSN 处理。 这种方法的主要缺点是去除是非特异性的,并且针对任何高...
DSN处理:复性魔法 🦀 接下来,咱们聊聊DSN处理。双链特异性核酸酶(DSN)源自堪察加蟹的热稳定核酸酶,对双链DNA(dsDNA)有超强亲和力。DSN处理的魔力在于它的复性过程。cDNA合成后,高温变性再降温,让高丰度的cDNA快速复性形成双链,而低丰度的cDNA保持单链,DSN精准切割双链部分,去除高丰度序列,实现转录本浓度的均一...
处理前的fastq原数据,trim-galore处理后的fq.gz(fastq)数据 (若处理数据则需要在rna小环境下进行,此次主要是查看文件,在conda的环境下进行) 运行命令 cd ${workdir}/04.clean zcat SRR1039510_1.fastq.gz|paste--->raw.txt zcat SRR1039510_1_val_1.fq.gz|paste--->trim.txt awk...
一般都会用TPM或者FPKM的吧，很少直接用count的 展示单基因有两种方法，一种是直接拎出来画箱型图/...
本文使用已发表的全基因组重亚硫酸盐测序(BS-seq)、染色质可及性(DNase/ATAC-seq)和基因表达(RNA-seq)数据,研究原始生殖细胞和胚胎发育过程中DNA甲基化的变化及远端转录因子结合位点的动力学特征。研究人员发现,大部分CpGs的DNA甲基化状...
可用于做差异分析，因为做差异分析的软件要求输入原始reads数；例如DESeq2等等；
RNA-Seq 中最常用的预处理方法是 poly(A) 分选。Poly(A) 分选用于从总 RNA中“捕获”聚腺苷酸化的 RNA 种类。从而富集成熟的编码 mRNA,为 mRNA-Seq 工作流程提供基础。在此过程中,首先对 RNA 进行变性以去除二级结构并使 poly(A) 尾与磁珠表面上修饰的Oligo(dT) 分子杂交。杂交后,除去无聚腺苷酸化的RNA...
我始终推荐使用基于count数据的差异表达分析流程（比如edgeR、limma、DESeq2之类的）。这些流程里会对测序...