我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中 FPKM 的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数值)。从这张图可以观察,偏离对角线的点越多,说明样品表达量的相关性越低,重复性越差;偏离对角线的点越少,则说明样品间表达量的相...
这个文章跟着之前的文章完整转录组RNAseq分析流程(tophat2+cufflink+cuffdiff)用了之前分析的 cuffdiff 的结果,参考视频https://www.bilibili.com/video/BV1gW411Y7Qf 文中用到的hic的数据由于是别人的东西,就不方便放出来,可以看一下孟叔视频,加群后可以在群文件下载 ### #rnaseq 可视化 孟b站 R绘图 ###...
RNA-seq中,对差异表达基因进行GO富集分析,采用topGO软件包实现有向无环图,展示差异基因富集的GO term及其层级关系,从上至下所定义的功能范围越来越具体。 对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点(方框表示),通过包含关系(is_a和part_of)将相...
ggpubr包做火山图https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/reference/diff_express.html#examples 找到了一些使用R语言分析新型冠状病毒数据的例子 https://www.statsandr.com/blog/top-r-resources-on-covid-19-coronavirus/ Top 100 R resources on Novel COVID-19 Coronavirus 这个链接收集了很多使用R语言分析新型...
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我们可以简单的把这张图理解为2个样本的RNAseq结果关联度散点图。X,Y轴分别是两个样本,每个点代表一个基因在两个样品中FPKM的对数值(FPKM是RNAseq中衡量基因表达高低的常用数值)。从这张图可以观察,偏离对角线的点越多,说明样品表达量的相关性越低,重复性越差;偏离对角线的点越少,则说明样品间表达量的相关性...