对于差异基因表达分析,最好对Poly(A)+进行富集,除非目标是获取有关长链非编码RNA的信息,在这种情况下建议去除核糖体RNA。 RNA质量检查 在开始cDNA文库制备之前,必须检查提取的RNA的完整性。传统上,通过查看核糖体RNA条带,通过凝胶电泳评估RNA的完整性;但这种方法既费时又不精确。已有的生物分析仪系统可以快速评估RNA...
1.DESeq2 有生物学重复时使用。用于寻找组间显著表达变化的基因,DESeq2主要使用负二项分布的模型来进行差异分析。 2.edgeR 无生物学重复时使用。edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。基于负二项分布的统计方法,包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。 后续还可以进行KEGG,GSEA...
对于差异基因表达分析,最好对Poly(A)+进行富集,除非目标是获取有关长链非编码RNA的信息,在这种情况下建议去除核糖体RNA。 RNA质量检查 在开始cDNA文库制备之前,必须检查提取的RNA的完整性。传统上,通过查看核糖体RNA条带,通过凝胶电泳评估RNA的完整性;但这种方法既费时又不精确。已有的生物分析仪系统可以快速评估RNA...
了解从RNA提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前,必须知道基因表达矩阵是如何产生的。 在本教程中,将会简要的介绍从原始测序读数到基因表达计数矩阵过程中,所采取的不同步骤。下图是整个分析过程的流程图。
差异表达分析 操作步骤 1.DESeq2 有生物学重复时使用。用于寻找组间显著表达变化的基因,DESeq2主要使用负二项分布的模型来进行差异分析。 2.edgeR 无生物学重复时使用。edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。基于负二项分布的统计方法,包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。
学习目标 了解从 RNA 提取到获取基因表达矩阵, 既RNA-seq 分析的整个流程。 1. workflow 进行差异表达基因分析的前提是,获取代表基因表达水平的矩阵。因此...
笔记内容摘要:RNA-seq转录组 转录组分析是对样本转录产物RNA的深入挖掘研究。通常情况下,植物的表型差异可能由许多因素控制,其中包括基因的转录环节,不同基因的转录情况有所不同,可能会使表型发生变化。 差异表达分析是对mRNA测序后获得表达矩阵,研究不同基因的表达量差异,除此之外,还有功能富集分析、联合分析等多种手...