RNAfold预测RNA二级结构,主要靠的是最小自由能原理。简单讲,RNA分子就像个爱“偷懒”的家伙,在折叠形成二级结构时,会自动找一种让自己最稳定的状态,而这种状态就是自由能最低的结构。自由能就好比是衡量RNA结构稳定性的一把尺子,数值越低,结构越稳定。 RNA二级结构是由像A - U、G - C 、G - U这样的碱基...
这里,我用一个完整的RNAfold类来包装整个函数,因为我们这些方法之间共享相同变量: import pandas as pd class RNAfold: def __init__(self, RNAseq:str): self.RNAseq = RNAseq self.dp, self.T = self.nussinov_rna_folding() self.structure = np.full(len(self.RNAseq),'.') def __isBasePair(...
1.不能够双击应用程序,若双击RNAfold.exe应用,只能手动输入序列,而且只能一条一条输入,极其麻烦。 2.应该在Dos环境下,到达应用程序的当前目录。 然后输入命令: RNAfold.exe <seq.fasta >result.txt 其中“<”代表序列以文件形式作为输入,这就允许输入多个序列进行结构预测,而不单单是一个。若没有这个"<", 则...
RNAfold预测 RNA的二级结构 在mirdeep软件的分析结果中,会提供miRNA前体的二级结构,这个结果实际上是通过调用 RNAfold 来实现的,该软件是一个经典的 预测RNA二级结构的软件,网址如下 官网提供了在线服务,只需要上传fasta格式的序列即可,示意如下 默认参数会输出以下两种二级结构 1. optimal secondary structure 最佳二级...
一款小而美的RNA二级结构预测软件 今天基迪奥给大家介绍一个在线RNA二级结构预测软件,这个软件是在线运行的,操作简单。输入序列,即可出结果,速度很快。 这个软件就是:RNAfold web server 也可以点击下面地址: http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi...
参考ViennaRNA与iFrei.cn RNAfold是Vienna RNA Package里的一种通过计算最小自由能(MFE:minimum free energy)来预测RNA二级结构的软件。它的算法和理论支持主要来源于M. Zuker和P. Stiegler在1981年发表的这篇Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamic and auxiliary information.想了解Micha...
Python实现中，设计了RNAfold类来包装整个函数。创建了一个解析读取fasta文件的python类来读取序列。对功能进行了验证，使用较长序列进行检查，结果显示矩阵结果和折叠结构正确。参考文献：Nussinov, R; Jacobson, A B (1980). "Fast algorithm for predicting the secondary structure of single-stranded ...
___= rnafold(Seq,Name=Value) Description rnafold(Seq)predicts and displays the secondary structure (in bracket notation) associated with the minimum free energy for the RNA sequence,Seq, using the thermodynamic nearest-neighbor approach.
___= rnafold(Seq,Name=Value) Description rnafold(Seq)predicts and displays the secondary structure (in bracket notation) associated with the minimum free energy for the RNA sequence,Seq, using the thermodynamic nearest-neighbor approach.
完成回溯后，结构可以用特定的符号格式表示，例如使用括号表示碱基对，不成对的核苷酸用点表示。通过这种方法，可以直观地表示RNA分子的二级结构。为了实现上述算法，可以使用Python编程语言。Python提供了强大的功能来处理序列数据和进行算法实现。实现RNAfold库时，可以设计一个类来包装整个算法流程，包括动态...