不过在尝试复现的过程中,发现它的第一层次降维聚类分群以及umap可视化的情况也很有意思,所以就打算从umap图复现开始! 但是呢,文献分群分的非常详细!查看了一下我降维聚类分群的结果,发现大概和RNA_snn_res.0.8下的细胞聚类数是一样的! 一般而言第一层次降维聚类分群,我会选择0.1的分辨率简单的分大群,但是既然要复现...
>sce_female<-FindVariableFeatures(sce_female,selection.method="vst",nfeatures=2000)# nfeatures = 2000是默认值Calculatinggene variances0%102030405060708090100%[---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|***|Calculatingfeature variances of standardizedandclipped values0%102030405060708090100%...