RNA-seq，全称转录组测序技术，是一种借助高通量测序手段来测定不同RNA分子表达水平的前沿方法。它不仅能揭示mRNA、小RNA以及非编码RNA等多种RNA类型，还为科学家提供了深入研究基因表达多样性的强大工具。作为二代测序领域中最常用的技术之一，RNA-seq因其灵活性和广泛的应用而备受瞩目。然而，传统方法在...
今天我们来聊聊RNA-seq中的一些比对相关名词,特别是BLAST这个工具。学完之后,别忘了给大表哥点个赞哦! BLAST:基本局部对齐搜索工具 🔍 BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,是一种常用的序列比对工具。它的主要任务是通过局部对齐算法,找出两个序列之间的相似性,从而判断它们的同源性。简单来说,就是通过比...
mRNA,全称message RNA就是通常所说的信使RNA,作为DNA与蛋白质之间的媒介,其表达,受到环境、时间等等条件的影响。很多表型,都是基因差异表达造成的,但是如何将这些数据变成论文中易读的FigureABC呢?这就需要一下方法将所有数据可视化(Visualizating all the data),比如,下面几张图,代表了集中典型的RNA-seq data可视化...
目前最常用的,对基因表达量进行相对定量的一个指标,就是「RPKM 值」(Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads),翻译成中文就是每一百万条比对到基因组上的 Reads 当中,有多少条是可以比对到某个特定基因,再除以该基因的外显子的长度所...
研究者建立的新方法——RPAD,全称是“RNase R treatment followed byPolyadenylation and poly (A) + RNADepletion (RPAD)”,实验流程见下图。由于环状RNA没有末端,所以可以抵抗核酸外切酶RNase R的剪切作用,而大部分线性的RNA,包括mRNA,rRNA以及miRNA都会被RNase R剪切而降解。
简书:Y大宽:RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart) 感谢两位大神,文章中所用的95%命令来自于两位大神的帖子。 准备0.0 从公司拿到双端测序结果,clean reads,不需要质控。 从师兄那里拿到大鼠参考序列。 第一步 序列比对 1 使用 hisat2 进行序列比对 ...
通常大家提到转录组测序,指的是mRNA-seq,在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项: 去除rRNA 富集polyA 因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构,示意图如下: 但是慢慢的科研热点转到了lncRNA,虽然lncRNA只有部分具有polyA尾结构,但也意味着公共数据库里面海量的mRNA-seq表达矩阵里面,都是可以提取到lncRNA部分,新的分...
ERCC的全称是 External RNA Controls Consortium,翻译过来就是外源RNA参照协会,这是个专门为了定制一套spike-in RNA而成立的组织。该组织成立于2003年,主要的工作就是设计了一套非常好用的spike-in RNA,方便当时的microarray,qRT-PCR以及后来的RNA-Seq进行内参定量。
HISAT全称为Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts,由约翰霍普金斯大学开发。它取代Bowtie/TopHat程序,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对。这项成果发表在3月9日的《Nature Methods》上。 HISAT利用大量FM索引,以覆盖整个基因组。以人类基因组为例,它需要48,000个索引,每个索引代表~64,000...