转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生物体在特
RNA-seq workflow 2. RNA提取与文库制备 在对RNA进行测序前,必须从细胞环境中提取和分离出RNA制备成cDNA文库。下面将介绍涉及的许多步骤,其中还包括了质量检查,以确保获取高质量的RNA。 2.1. RNA富集 一旦使用DNAse处理(去除DNA序列)后,样本就会经历mRNA的富集(polyA富集)或rRNA的去除。 通常,核糖体RNA代表细胞中存...
RNA- seq 的数据处理主要分为以下几个过程: 1. 测序数据质控,以及参考基因组和注释文件下载; 2. 序列比对,将测序得到的短 reads 序列往参考基因组上 mapping; 3. 差异表达基因鉴定。 (一)HISAT2 序列比对 更详细的内容见软件官网 HISAT2: graph-based alignment of next generation sequencing reads to a...
以下是使用生信软件包处理RNA-seq数据的基本流程：1） 数据预处理：使用FastQC、FastP等工具对原始FASTQ文...
RNA-Seq 中最常用的预处理方法是 poly(A) 分选。Poly(A) 分选用于从总 RNA中“捕获”聚腺苷酸化的 RNA 种类。从而富集成熟的编码 mRNA,为 mRNA-Seq 工作流程提供基础。在此过程中,首先对 RNA 进行变性以去除二级结构并使 poly(A) 尾与磁珠表面上修饰的Oligo(dT) 分子杂交。杂交后,除去无聚腺苷酸化的RNA...
RNA-seq 保姆教程:差异表达分析(一) 介绍 RNA-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。RNA-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。本教程[1]将涵盖处理和分析差异基因表达数据的基本工作流程,旨在提供设置环境和运行比对工具的通用方法。请注意,它并不适用于所有类型的分析,比对...
到目前为止,已从标准的RNA-seq流程中衍生出多达100种不同的应用。大部分应用都是基于Illumina short-read测序,但最近基于long-read RNA-seq和direct RNA sequencing (dRNA-seq)的方法可以帮助解决Illumina short-read技术处理不了的问题。 本文中,我们先熟悉'baseline'流程,用short-read RNA-seq技术分析DGE。先描述...
RNA-seq数据处理流程主要包括以下步骤: 1.数据质量控制:使用FastQC等工具对原始测序数据进行质量评估,包括碱基质量分布、GC含量、测序深度等。去除低质量的reads,以确保后续分析的准确性。 2. reads比对:将高质量的reads比对到参考基因组上,常用的比对工具如STAR、HISAT2等。比对过程中,需要注意选择合适的参考基因组版...
首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf chroms/ hg38/ samples/ SraAccList.txt sra/ fasta/ fastqc/ cufflinks_result/ tophat_result/ HTSeq_result/ tools/ Trimmomatic-0.36/ 1. 下载参考基因组序列信息及注释文件GTF ...
该技术应用于分析不断变化的细胞转录组,能够研究可变剪切的转录本,转录后修饰,基因融合,SNP(单核苷酸多态性),突变,以及随着时间变化基因表达的变化或者不同条件处理下细胞的转录组差异等,用于确定内含子与外显子之间的边界等。目前也基于RNA-seq传统方法发展出了single cell RNA-seq以及原位 RNA-seq等技术。