质量控制（过滤低质量细胞，去除线粒体基因含量高的细胞）；PCA降维与t-SNE聚类；细胞亚群注释（基于已发表的marker基因）。3. 评估指标 本研究采用以下指标衡量去卷积方法的性能：均方根误差（RMSE）：衡量预测值与真实值之间的误差，数值越低越好；皮尔逊相关系数（PCC）：衡量预测结果与真实细胞比例的相关性
线粒体基因在大多数真核细胞中表达,线粒体mRNA序列通常在靶转录组内共测序,产生的数据通常未被充分利用或丢弃。相关研究团队开发了一种自动化流程MITGARD,可以从各种来源的RNA-seq数据中可靠地恢复线粒体基因组。其根据系统发育相关的参考来识别线粒体序列,将它们组装成contigs,并提取目标物种的完整mtDNA。 MITGARD...
我个人的话用过这两种方法:一种是先把基因表达scale 之后把每个样本都看成是一个rank list,然后用GSEA 算net enrichment score 的方法去算一个线粒体/核糖体基因集的分数;另一种是用Dissecting the multicellular ecosystem of metastatic melanoma by single-cell RNA-seq 里面提到的方法给每个样本算一个分数。一...
线粒体reads与细胞降解有关,并且有证据表明核糖体基因可以影响聚类,在分析中隐藏其他生物学结构。作者发现核糖体基因的去除强烈地降低了聚类的质量,表明它们代表了亚群之间的真正生物学差异。删除线粒体基因并且只用蛋白质编码基因对聚类的影响非常小。 (4)Normalization and scaling 作者调查不同标准化策略的影响。除了S...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术促使人们有机会剖析肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC)之间的独特免疫特征,这是NSCLC的两种主要亚型。在这里,我们对40个肿瘤样本中的72,475个免疫细胞进行了scRNA-seq,并匹配了19名非SCLC患者的相邻正常组织,并绘制了...
碱基或核糖上发生化学基团修饰在RNA分子中普遍存在,这些RNA修饰行为可以通过影响基因表达从而调控肿瘤进展。深入研究RNA修饰在肿瘤进展中的作用,对于肿瘤机制的理解和干预策略的开发具有重要科学价值。线粒体在维持肿瘤细胞的异常代谢状态中扮...
细胞过滤标准 ： 保留基因数在200-5000之间的细胞 线粒体基因百分比 <20% 总UMI数 >1000目的 ：移除低质量细胞（基因太少/线粒体基因过高）和多重捕获（基因过多）基因过滤作用 ：去除在少于10个细胞中表达的基因目的 ：减少噪声基因对后续分析的影响 # === 质控后可视化 === print ( "\n=== 质控后...
单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和单细胞核RNA-seq(snRNA-seq)是肿瘤组织进行单细胞测序的两种主要方法。其中scRNA-seq需要根据不同的肿瘤类型制定相应的解离方法,其中的酶消化过程可能会丢失高度敏感细胞或引起基因表达的变化。另外scRNA-seq对时间要求较高,获得新鲜的组织后需要尽快完成解离的操作,这对于临床样本来说是一...
short-read RNA-seq结果很稳定,对RNA-seq的short-read测序技术多次测试比较发现,其平台内和平台间的相关性都很好。然而在样本准备和计算分析阶段有一些步骤也会引入偏好性。这些限制会影响特定生物问题的解释,比如正确地识别和定量一个基因的多个转录异构体。这一局限与研究特别长或特别多变的转录异构体尤其相关。如...