本次数据来自Nature communication 中一篇期刊论文的RNA-seq测序数据,测序样品来源于正常人和癌症病人的组织细胞。通过阅读论文,发现相关RNA数据存储于NCBI-GEO中,序列号为GSE81916。具体参考《生信技能树论坛》。 2.2 prefetch工具下载序号9-15的序列 脚本如上,运行结果如下:(其中SRR3589956无法下载成功,该文件夹下面没...
2、生信技能树：再次强调表达量矩阵分析一定要三张图 3、观科研：Bulk RNA-seq | 第2期. 零基础画...
TCGA数据库里面的乳腺癌样本RNA-seq数据是配对的有哪些? 生信小白的RNA-seq实战历程 RNA-seq数据分析指南 后记 听说隔壁openbiox团队在组织翻译这个bioconductor流程系列,而且还是由我们生信技能树元老-思考问题的熊领头,希望他们的翻译成果早日出版!
2. 如何识别数据是否为链特异性测序 这里需要使用一个软件RSeQC， 是一款用于RNA-seq数据质量控制的软件...
circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程 同样的策略,我们也可以应用到lncRNA的学习。所以前面我们生信技能树发布了:lncRNA的一些基础知识,和lncRNA芯片的一般分析流程,现在就是lncRNA-seq数据的一般分析流程啦。 自学lncRNA-seq数据分析~学习大纲 ...
375 -- 5:32 App 单细胞RNA-seq分析教程【一】测序原理 779 -- 9:56 App GEO | 12多组样本差异分析 | 差异分析 | GEO数据库 | 表达差异 | 配对样本差异分析 2226 -- 17:51 App 用GPT4进行生信分析!(中英字幕)| 单细胞分析基本流程 | 单细胞注释 | 富集分析 | GO、KEGG 7830 1 2:01 App 怎...
对定量结果质控使用生信技能树的三张图(PCA、树状图、热图)。 使用python版的DEseq2对组间做差异分析(火山图和MA图)。 流程代码在https://jihulab.com/BioQuest/SnakeMake-RNA-seq或https://github.com/BioQuestX/SnakeMake-RNA-seq A SnakeMake workflow for Bulk RNA-seq ...
写在前面 很荣幸参加生信技能树全国巡讲-第一站-重庆站的RNA-seq线下培训课程。以下为线下课结合线上课所做的笔记,希望能帮到你。 一些小练习题 下面开始RNA-seq流程...
scRNA-seq单细胞RNA测序分析简介 流云栖树 392 0 解读纯生信挖掘单细胞RNA-seq等多组学数据发6分+文章 米晶子 378 0 生信分析蓝海方向——双疾病分析,毕业用它就够了 尔云间 5668 0 突破铜死亡生信分析内卷,向非肿瘤领域开拔进军!5分+思路奉上,拿去抢占先机/文献解读 尔云间 1037 4 转录组测序(RNA-se...
数据集为GSE149638, 2x101 bp paired-end RNA-seq,Illumina HiSeq 2500 with poly-A selection。源于健康人的M0和M1 macrophages。原始数据M0和M1各有48个重复。全部使用还是需要耗费一定时间和计算资源的,这里就各挑选3个重复进行练习。 数据下载 我比较喜欢去ebi里下载数据,感觉ebi下载数据更人性化一点。去ebi ...