RNA-seq分析表明,ΔBcdim5和ΔBchda1菌株的DEGs具有相同的失调方向,且上调基因(611个上调基因)存在显著重叠。同时,上调的交集中有193个基因,在ΔBcdim5和ΔBchda1菌株中缺少或减少了H3K9me3修饰,表明BcDIM5和BcHda1对这些基因的转录沉默是必需的(图4F)。此外,上调的交叉集中有158个基因与H3K9me3删除峰区域相...
对在含有A23-1或葡萄糖的MM培养基上生长的BT进行了RNA-seq。结果显示,大多数基因与碳水化合物代谢相关。进一步分析发现,总共有394个基因在BT生长于A23-1时表现出表达变化。在394个上调基因中,有19个与BT在葡萄糖上生长相比表现出大量增加。这19个上调基因被分为3个离散的PULs,并通过qPCR证实。为了更好地显示这些...
rnaseq上调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif rnaseq下调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif
为更进一步了解拟南芥突变体dsr1发育缺陷的机理,利用RNA-Seq分析了拟南芥突变体dsr1和野生型5天幼苗的转录组表达差异,在拟南芥突变体dsr1中共检测到367个显著上调基因,428个显著下调基因。通过对差异基因的GO富集分析,发现AtMDN1在调节植物生长和发育等多个生物学过程中发挥作用。 图注:(a):拟南芥突变体dsr1和野生型...
RNA高通量测序(RNA-sequencing,缩写为RNA-seq)是目前高通量测序技术中被用得最广的一种技术。 RNA-seq可以帮助我们了解:各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异。 RNA-seq可以检测的差异有:正常组织和肿瘤组织的之间的差异,药物治疗前后基因表达的差异,发育过程中不同的发育阶段不同的组织之间的基因表达差异,等等...
使用ANOVA的方式也可以进行多组间比较,但由于ANOVA是指定同一个CK,并且不能得到具体是哪组相对于CK有差异表达,不能精准的解决我的需求,因此选择使用DEseq2循环对不同组进行差异表达分析。 一. R脚本 目前脚本中DEGs(差异表达基因)筛选标准为log2FoldChange>1或log2FoldChange<-1以及pvalue<0.05, qvalue<0.05,...
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA/基因集富集分析), 是一种生物信息学的计算方法,用于确定是否存在这样一个“基因集”,能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。表达谱数据里的基因数目众多,我们需要对基因进行功能注释,看哪些基因是属于同一通路,以及该通路的上调、下调情况,这就是富集分析了。
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。
目前最常用的,对基因表达量进行相对定量的一个指标,就是「RPKM 值」(Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads),翻译成中文就是每一百万条比对到基因组上的 Reads 当中,有多少条是可以比对到某个特定基因,再除以该基因的外显子的长度所...
RNA-seq差异表达分析的一般原则 1)不同样品的基因总表达量相似 2)上调差异表达与下调差异表达整体数量相似(上下调差异平衡) 3)在两组样品中不受处理效应影响的基因, 表达量应该是相近的(差异不显著)。 4)看家基因可作为表达量评价依据( 待定) 不同的算法比较: ...