TPM与RPKM/FPKM的区别:从计算公式来说,唯一的不同是计算操作的顺序,TPM是先去除了基因长度的影响,而RPKM/FPKM是先去除测序深度的影响,具体可看这篇博文,有计算步骤的详细说明;TPM实际上改进了RPKM/FPKM方法在跨样品间定量的不准确性。 TPM的使用范围与RPKM/FPKM相同。 4.三者之间的比较 raw count作为原始的read...
RPKM/FPKM并不能准确代表相对RNA摩尔浓度,并且可能存在偏差,使得识别差异表达基因的结果偏向于不同。这是因为每个样本的总标准化计数都会不同,于是有科学家提出TPM(每百万转录本)作为RPKM的替代方案。 通过将基因的RPKM除以所有基因的RPKM值之和,并乘以10^6,可以将RPKM值转换为该基因的TPM。 TPM相当于重新标准化的...
两者的区别在于RPKM是单末端RNA-seq,FPKM是双末端RNA-seq,后者的两个末端均可匹配到基因组,故每个DNA片段可得到2个reads。有时候双末端中一个末端reads质量低,仅余下一个末端具有高质量的reads。FPKM记录的是DNA片段的轨迹,故配对的2个reads并不会被记录两次。...
RPKM与FPKM类似,两者计算方法相同, 区别在于FPKM针对双端测序。其中103是用来标准化基因的长度,106用来标准化测序深度。FPKM排除了测序深度对总reads数的影响,但是没有考虑到基因转录本长度对reads总和的影响,所以就有了TPM。 TPM:Trans Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千个碱基的转录每百...
TPM(Transcripts per million) 计算: 该基因的reads数 / 该基因的长度(即count) count / 总reads数 FPKM v.s. TPM 两者的区别在于计算的顺序不同。 数学上其实是一致的,但是实际运用中,由于除不尽、近似等缘故,造成误差。调整计算顺序后,有助于减小误差。 举例:RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚...
FPKM2TPM<-function(fpkm){exp(log(fpkm)-log(sum(fpkm))+log(1e6))} 然后我们利用apply函数进行遍历,就可以转换啦。 代码语言:javascript 复制 TPMs<-apply(exp,2,FPKM2TPM) 除了FPKM转换成TPM外,其他的数据也可以进行转换。 Counts转TPM 代码语言:javascript ...
FPKM和RPKM的定义是相同的,唯一的区别是FPKM适用于双端测序文库,而RPKM适用于单端测序文库。FPKM会将配对比对到一个片段(fragment)上的两个reads计算一次,接下来的计算过程跟RPKM一样。 下面,终于轮到TPM登场了。虽然同样是标准化测序深度和基因长度,TPM的不同在于它的处理顺序是不同的。即先考虑基因长度,再是测序...
介绍了不同的RNA-Seq标准化方法——RPKM/FPKM和TPM,并演示了如何从计数中计算这些值。最后会比较这几种算法, 视频播放量 780、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 3、收藏人数 17、转发人数 5, 视频作者 小云爱生信, 作者简介 我司将持续更新生物信息学,相关视频,文章,关
在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度。 很容易理解,一个基因越长,测序深度越高,落在其内部的read counts数目就会相对越多。
FPKM:同RPKM是一样的,只是RPKM用于单末端测序,而FPKM用于双末端测序。 TPM:TPM的计算方法其实也同RPKM很类似,同样的对基因长度和测序深度进行标准化;即counts先除基因长度,再除总reads数。这样每个样本最后的“结果和”都相等,不同样本间差异更清楚。这就意味着TPM数值能体现出比对上某个基因的reads的比例,使得该...