STAR(Spliced Transcripts Alignment to a Reference)是用于将RNA-seq读取数据与参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知(_splice aware)_比对的工具。注意,STAR是一个专门针对RNA-seq数据映射的比对工具,这意味着不能用于比对DNA数据。 与其他流行的剪接感知RNA-seq比对工具(如HISAT2和TopHat2)相比,STAR具有更...
STAR安装成功后,第一步是构建index索引文件 第二步是用STAR做比对: 比对结束后,接下来是定量 定量所需软件 总结: 前言: 众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw...
果然,意料之中的结果,相关性0.99,两者的整体一致性非常好。RNA-seq定量直接使用STAR不失为一条快捷方便的途径。
软件的GitHub地址为https://github.com/alexdobin/STAR, 下载页面为https://github.com/alexdobin/STAR/releases, 挑最新的下载,避免bug。 软件使用 STAR的主程序只有两个:STAR和STARlong。前者用于比对RNA-seq数据,后者是针对于长读长RNA数据。由于同一个程序,又需要做建索引,又需要做序列比对,并且这个程序还支持...
STAR是用于准确、快速比对RNA-seq读取数据至参考基因组的工具，专门针对RNA-seq数据，不适用于DNA数据。STAR与HISAT2、TopHat2等工具相比，具有更高映射率、更快速度，且在经典和非经典剪接位点识别、嵌合转录本检测方面表现优异。STAR能准确映射短、长读取数据。在变异检测方面，STAR具有更好灵敏度，广泛...
目前最为流行的 RNA-Seq 数据比对软件是 HISAT2 和 STAR,它们可以说是大浪淘沙后的优胜者。特别值得一提的是,STAR 的升级版 STARsolo 在单细胞测序数据的比对和质控方面得到了越来越广泛的应用,感兴趣的小伙伴可以参考论文:STARsolo: accurate, fast and versatile mapping/quantification of single-cell and singl...
外显子测序是基于基因组,就是 固定不变的信息,而RNA-seq是 基于动态的信息,是变化的信息。 也就是说,外显子测序还是在基因组上测序,只是测已知外显子区域 RNA-seq是对转录后的mRNA测序,可能只是已知外显子区域的一部分。 靶向测序,主要是对一些选定的基因进行测序。通常是对已知致病基因或感兴趣的基因进行测序...
FASTQ文件到SAM文件这一步就需要比对软件 [STAR、Tophat2、HISAT2] 来实现,目的是 把RNA-seqreads比对到合适的参考序列上. 如果用基因组作为参考序列可以检测到新的转录本,但可能需要耗费更多的计算资源;如果用转录组作为参考则无法找出新的转录本,但速度更快。如果研究物种没有可靠的参考序列,可以重头组装对转录...
Seq-StarTM Rapid RNA-seq试剂盒用于RNA高通量测序文库的快速构建,样本起始量低至100pg oligo(dT)富集或rRNA去除后RNA。试剂盒利用反转录酶的template-switching活性,直接通过反转反应在cDNA序列两端添加测序所需接头,免除了经典RNA高通量测序文库构建方法(如dUTP方法)中双链cDNA合成,末端修复,加A及接头连接等繁琐步骤...
这一方法可以在更低的测序深度条件下达到与标准RNA-seq相当的敏感性,因此可以混合更多样本同时测序。因为不需要考虑外显子连接检测 (exon junction)和基因长度归一化,这一方法的数据分析也简化了(生信宝典注:其实也是需要考虑的,转录本末端或UTR区也会存在剪接,具体取决于测序读长和特定基因的结构。不过如果使用STAR/...